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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CADPS_chr3_62393348_62880416	62873617	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp1 HG01981.hp1 HG02300.hp1 others(7): Show HG00621.hp1 HG01981.hp1 HG02300.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG03041.hp2 NA18986.hp1 NA19043.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0012 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0012 a0003c0013	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0002t0001 a0001c0012t0001 a0003c0013t0001	a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0042 others(7): Show a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0002g0152 a0001c0001t0002g0153 a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0005g0002 a0001c0002t0001g0008 a0001c0012t0001g0039 a0003c0013t0001g0040	10	160	0.0625	3	c.441 others(18): Show c.441+969_441+971dupAAA	CADPS	ENSG00000163618.18	transcript	ENST00000383710.9	protein_coding	1/29			chr3	TogoVar
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