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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CAMK1D_chr10_12344547_12840545	12435221	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00423.hp1 HG01256.hp1 others(28): Show HG00280.hp2 HG00423.hp1 HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG01433.hp1 HG01928.hp1 HG01975.hp2 HG01981.hp2 HG02040.hp2 HG02074.hp2 HG02083.hp1 HG02273.hp1 HG02602.hp1 HG02698.hp2 HG03831.hp2 HG04184.hp2 NA18612.hp2 NA18953.hp1 NA18971.hp2 NA18974.hp1 NA18983.hp2 NA18989.hp1 NA18990.hp1 NA18999.hp1 NA19012.hp2 NA19043.hp2 NA19056.hp2 NA19084.hp2 NA19085.hp2 NA19091.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(18): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0014 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0033 a0001c0001t0036 a0001c0001t0049 a0001c0001t0058 a0001c0001t0059 a0001c0001t0076 a0001c0001t0078 a0001c0001t0084 a0001c0001t0099 a0001c0002t0004 a0001c0002t0021 a0001c0003t0007	a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0056 others(28): Show a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0002g0206 a0001c0001t0003g0195 a0001c0001t0005g0204 a0001c0001t0006g0178 a0001c0001t0007g0183 a0001c0001t0014g0211 a0001c0001t0014g0212 a0001c0001t0017g0159 a0001c0001t0018g0190 a0001c0001t0033g0138 a0001c0001t0033g0185 a0001c0001t0036g0022 a0001c0001t0049g0101 a0001c0001t0058g0093 a0001c0001t0059g0192 a0001c0001t0076g0128 a0001c0001t0078g0199 a0001c0001t0084g0119 a0001c0001t0099g0043 a0001c0002t0004g0077 a0001c0002t0004g0091 a0001c0002t0021g0023 a0001c0002t0021g0048 a0001c0003t0007g0063	31	214	0.1449	3	c.92+ others(20): Show c.92+85334_92+85336dupAAA	CAMK1D	ENSG00000183049.14	transcript	ENST00000619168.5	protein_coding	1/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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CAMK1D_chr10_12344547_12840545	12456766	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01069.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp1 others(15): Show HG01069.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01884.hp2 HG02040.hp1 HG02698.hp1 HG02896.hp2 HG02976.hp1 HG03490.hp1 HG03492.hp2 HG03669.hp2 HG04199.hp1 NA18945.hp1 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18999.hp2 NA19043.hp1 NA19084.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(14): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0019 a0001c0001t0022 a0001c0001t0033 a0001c0001t0043 a0001c0001t0081 a0001c0001t0090 a0001c0001t0100 a0001c0002t0016 a0001c0002t0023 a0001c0002t0025 a0001c0002t0055 a0001c0002t0067	a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0002g0177 a0001c0001t0003g0045 others(15): Show a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0002g0177 a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0009g0072 a0001c0001t0011g0018 a0001c0001t0019g0039 a0001c0001t0022g0070 a0001c0001t0033g0138 a0001c0001t0043g0026 a0001c0001t0081g0096 a0001c0001t0090g0115 a0001c0001t0100g0135 a0001c0002t0016g0006 a0001c0002t0023g0102 a0001c0002t0023g0103 a0001c0002t0025g0029 a0001c0002t0055g0207 a0001c0002t0067g0053	18	214	0.0841	3	c.93- others(20): Show c.93-96438_93-96436dupAAA	CAMK1D	ENSG00000183049.14	transcript	ENST00000619168.5	protein_coding	1/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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