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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AP1S2_chrX_15820806_15859813	15829732	T T	TATC TATC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG01109.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0190 a0001c0001t0002g0190	1	318	0.0031	3	c.427 others(20): Show c.427-1535_427-1533dupGAT	AP1S2	ENSG00000182287.15	transcript	ENST00000672987.1	protein_coding	4/5			chrX	TogoVar
AP1S2_chrX_15820806_15859813	15834479	T T	TATA TATA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp1 HG02293.hp2 HG03654.hp1 others(1): Show HG00621.hp1 HG02293.hp2 HG03654.hp1 HG03831.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0158 others(1): Show a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0003g0056	4	318	0.0126	3	c.427 others(20): Show c.427-6280_427-6279insTAT	AP1S2	ENSG00000182287.15	transcript	ENST00000672987.1	protein_coding	4/5			chrX	TogoVar
AP1S3_chr2_223750326_223842582	223755529	A A	ATTT ATTT	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG01192.hp1 HG01978.hp1 others(5): Show HG00735.hp2 HG01192.hp1 HG01978.hp1 HG02300.hp2 NA18978.hp1 NA18986.hp2 NA18991.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0004c0006 a0001c0001 a0004c0006	a0001c0001t0023 a0001c0001t0029 a0001c0001t0056 others(3): Show a0001c0001t0023 a0001c0001t0029 a0001c0001t0056 a0001c0001t0059 a0001c0001t0066 a0004c0006t0023	a0001c0001t0023g0280 a0001c0001t0023g0293 a0001c0001t0029g0123 others(5): Show a0001c0001t0023g0280 a0001c0001t0023g0293 a0001c0001t0029g0123 a0001c0001t0029g0303 a0001c0001t0056g0003 a0001c0001t0059g0082 a0001c0001t0066g0161 a0004c0006t0023g0208	8	340	0.0235	3	c.31 others(14): Show c.3183_*3185dupAAA	AP1S3	ENSG00000152056.18	transcript	ENST00000396654.7	protein_coding	5/5	3185		chr2	TogoVar
AP1S3_chr2_223750326_223842582	223765159	C C	CCAT CCAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 others(132): Show HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00639.hp1 HG01109.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01884.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02015.hp1 HG02027.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02155.hp1 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02293.hp2 HG02300.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02523.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02683.hp1 HG02683.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02735.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03471.hp1 HG03486.hp2 HG03490.hp2 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03669.hp1 HG03710.hp2 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