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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD18_chr4_127960406_128044953	127979915	C C	CAAA CAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp2 others(63): Show HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00621.hp2 HG00738.hp2 HG01081.hp2 HG01358.hp2 HG01891.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02273.hp2 HG02300.hp1 HG02486.hp1 HG02622.hp2 HG03225.hp2 HG03831.hp1 NA18747.hp2 NA18906.hp2 NA18939.hp2 NA18940.hp2 NA18942.hp2 NA18943.hp2 NA18947.hp2 NA18948.hp2 NA18951.hp2 NA18952.hp1 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18957.hp2 NA18960.hp2 NA18962.hp1 NA18966.hp2 NA18968.hp1 NA18970.hp2 NA18974.hp2 NA18977.hp2 NA18978.hp2 NA18981.hp2 NA18983.hp1 NA18985.hp1 NA18986.hp2 NA18988.hp2 NA18989.hp2 NA18994.hp2 NA18999.hp1 NA19000.hp2 NA19002.hp2 NA19005.hp2 NA19007.hp2 NA19009.hp2 NA19011.hp1 NA19062.hp1 NA19066.hp1 NA19068.hp2 NA19070.hp1 NA19075.hp2 NA19085.hp2 NA19086.hp2 NA19090.hp1 NA19091.hp2	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0006	a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 others(1): Show a0001c0001 a0002c0002 a0003c0003 a0006c0007	a0001c0001t0002 a0001c0001t0022 a0002c0002t0001 others(20): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0022 a0002c0002t0001 a0002c0002t0014 a0002c0002t0020 a0002c0002t0021 a0002c0002t0029 a0002c0002t0030 a0002c0002t0031 a0002c0002t0032 a0002c0002t0033 a0002c0002t0049 a0002c0002t0050 a0002c0002t0051 a0002c0002t0053 a0002c0002t0054 a0002c0002t0055 a0002c0002t0056 a0002c0002t0057 a0003c0003t0034 a0003c0003t0059 a0003c0003t0060 a0006c0007t0001	a0001c0001t0002g0221 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0238 others(63): Show a0001c0001t0002g0221 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0238 a0001c0001t0002g0248 a0001c0001t0022g0337 a0002c0002t0001g0270 a0002c0002t0001g0272 a0002c0002t0001g0276 a0002c0002t0001g0277 a0002c0002t0001g0278 a0002c0002t0001g0279 a0002c0002t0001g0280 a0002c0002t0001g0286 a0002c0002t0001g0289 a0002c0002t0001g0290 a0002c0002t0001g0295 a0002c0002t0001g0297 a0002c0002t0001g0299 a0002c0002t0001g0301 a0002c0002t0001g0302 a0002c0002t0001g0305 a0002c0002t0001g0307 a0002c0002t0001g0313 a0002c0002t0001g0314 a0002c0002t0001g0315 a0002c0002t0001g0316 a0002c0002t0001g0319 a0002c0002t0001g0320 a0002c0002t0001g0322 a0002c0002t0001g0324 a0002c0002t0001g0326 a0002c0002t0001g0328 a0002c0002t0001g0329 a0002c0002t0001g0332 a0002c0002t0001g0333 a0002c0002t0014g0271 a0002c0002t0014g0303 a0002c0002t0020g0282 a0002c0002t0020g0284 a0002c0002t0020g0308 a0002c0002t0020g0317 a0002c0002t0021g0291 a0002c0002t0021g0304 a0002c0002t0021g0318 a0002c0002t0029g0292 a0002c0002t0029g0306 a0002c0002t0030g0273 a0002c0002t0030g0331 a0002c0002t0031g0283 a0002c0002t0032g0285 a0002c0002t0032g0293 a0002c0002t0033g0323 a0002c0002t0033g0325 a0002c0002t0049g0300 a0002c0002t0050g0274 a0002c0002t0051g0294 a0002c0002t0053g0330 a0002c0002t0054g0275 a0002c0002t0055g0269 a0002c0002t0056g0288 a0002c0002t0057g0298 a0003c0003t0034g0134 a0003c0003t0034g0136 a0003c0003t0059g0135 a0003c0003t0060g0118 a0006c0007t0001g0287	66	344	0.1919	3	c.-17 others(20): Show c.-17-3006_-17-3004dupAAA	ABHD18	ENSG00000164074.17	transcript	ENST00000645843.2	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
ABHD18_chr4_127960406_128044953	128008261	C C	CTTT CTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00597.hp2 others(25): Show HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00597.hp2 HG00738.hp2 HG01081.hp2 HG01358.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02300.hp1 HG02451.hp1 HG02523.hp1 NA18943.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18966.hp2 NA18968.hp1 NA18970.hp2 NA18974.hp2 NA18977.hp2 NA18988.hp2 NA19000.hp2 NA19005.hp2 NA19007.hp2 NA19011.hp1 NA19077.hp1 NA19090.hp1	a0002 a0003 a0006 a0002 a0003 a0006	a0002c0002 a0003c0003 a0006c0007 a0002c0002 a0003c0003 a0006c0007	a0002c0002t0001 a0002c0002t0014 a0002c0002t0020 others(7): Show a0002c0002t0001 a0002c0002t0014 a0002c0002t0020 a0002c0002t0021 a0002c0002t0031 a0002c0002t0050 a0002c0002t0056 a0002c0002t0057 a0003c0003t0058 a0006c0007t0001	a0002c0002t0001g0270 a0002c0002t0001g0278 a0002c0002t0001g0279 others(25): Show a0002c0002t0001g0270 a0002c0002t0001g0278 a0002c0002t0001g0279 a0002c0002t0001g0280 a0002c0002t0001g0286 a0002c0002t0001g0289 a0002c0002t0001g0295 a0002c0002t0001g0297 a0002c0002t0001g0301 a0002c0002t0001g0302 a0002c0002t0001g0310 a0002c0002t0001g0314 a0002c0002t0001g0315 a0002c0002t0001g0322 a0002c0002t0001g0329 a0002c0002t0001g0333 a0002c0002t0014g0303 a0002c0002t0020g0284 a0002c0002t0020g0308 a0002c0002t0020g0317 a0002c0002t0021g0291 a0002c0002t0031g0281 a0002c0002t0031g0283 a0002c0002t0050g0274 a0002c0002t0056g0288 a0002c0002t0057g0298 a0003c0003t0058g0344 a0006c0007t0001g0287	28	344	0.0814	3	c.279 others(18): Show c.279-633_279-631dupTTT	ABHD18	ENSG00000164074.17	transcript	ENST00000645843.2	protein_coding	4/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
ABHD18_chr4_127960406_128044953	128042197	A A	AAAC AAAC	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02257.hp1 others(11): Show HG01891.hp2 HG02109.hp2 HG02257.hp1 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG03225.hp2 HG03540.hp2 HG06807.hp1 NA18906.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0003c0003 a0001c0001 a0003c0003	a0001c0001t0022 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 others(5): Show a0001c0001t0022 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0062 a0003c0003t0034 a0003c0003t0058 a0003c0003t0059 a0003c0003t0060	a0001c0001t0022g0337 a0001c0001t0022g0339 a0001c0001t0022g0340 others(11): Show a0001c0001t0022g0337 a0001c0001t0022g0339 a0001c0001t0022g0340 a0001c0001t0022g0341 a0001c0001t0035g0336 a0001c0001t0035g0343 a0001c0001t0036g0335 a0001c0001t0036g0342 a0001c0001t0062g0338 a0003c0003t0034g0134 a0003c0003t0034g0136 a0003c0003t0058g0344 a0003c0003t0059g0135 a0003c0003t0060g0118	14	344	0.0407	3	c.63 others(14): Show c.6384_*6385insAAC	ABHD18	ENSG00000164074.17	transcript	ENST00000645843.2	protein_coding		2245		chr4	TogoVar
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