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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ARL15_chr5_53878942_54315573	53919664	T T	TGCC TGCC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 others(94): Show HG00099.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01516.hp1 HG01884.hp1 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp2 HG02015.hp2 HG02055.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02683.hp1 HG02717.hp1 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02896.hp1 HG02922.hp1 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp1 HG03579.hp1 HG03654.hp1 HG03704.hp2 HG03710.hp1 HG03834.hp1 HG04115.hp1 HG04228.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18970.hp1 NA18979.hp1 NA18983.hp2 NA18989.hp1 NA19043.hp1 NA19077.hp2 NA19084.hp1 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp2 NA20752.hp1 NA20752.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(16): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0014 a0001c0001t0017 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0005 a0001c0002t0006 a0001c0002t0007 a0001c0002t0009	a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0066 others(94): Show a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0002g0050 a0001c0001t0002g0085 a0001c0001t0002g0088 a0001c0001t0002g0089 a0001c0001t0002g0098 a0001c0001t0002g0100 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0002g0125 a0001c0001t0002g0128 a0001c0001t0002g0134 a0001c0001t0002g0142 a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0002g0145 a0001c0001t0002g0146 a0001c0001t0002g0147 a0001c0001t0002g0162 a0001c0001t0002g0165 a0001c0001t0002g0185 a0001c0001t0002g0191 a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0003g0055 a0001c0001t0003g0057 a0001c0001t0003g0094 a0001c0001t0004g0119 a0001c0001t0004g0123 a0001c0001t0004g0179 a0001c0001t0004g0204 a0001c0001t0005g0079 a0001c0001t0005g0080 a0001c0001t0005g0166 a0001c0001t0006g0121 a0001c0001t0007g0096 a0001c0001t0007g0122 a0001c0001t0007g0150 a0001c0001t0007g0188 a0001c0001t0008g0102 a0001c0001t0008g0127 a0001c0001t0008g0136 a0001c0001t0009g0197 a0001c0001t0011g0120 a0001c0001t0014g0158 a0001c0001t0017g0203 a0001c0002t0001g0002 a0001c0002t0001g0003 a0001c0002t0001g0004 a0001c0002t0001g0005 a0001c0002t0001g0006 a0001c0002t0001g0008 a0001c0002t0001g0012 a0001c0002t0001g0013 a0001c0002t0001g0015 a0001c0002t0001g0018 a0001c0002t0001g0033 a0001c0002t0001g0034 a0001c0002t0001g0041 a0001c0002t0001g0044 a0001c0002t0001g0047 a0001c0002t0002g0007 a0001c0002t0002g0036 a0001c0002t0003g0037 a0001c0002t0003g0038 a0001c0002t0003g0040 a0001c0002t0005g0043 a0001c0002t0006g0032 a0001c0002t0007g0028 a0001c0002t0009g0039	97	206	0.4709	3	c.463 others(22): Show c.463-32952_463-32951insGGC	ARL15	ENSG00000185305.12	transcript	ENST00000504924.6	protein_coding	4/4			chr5	TogoVar
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ARL15_chr5_53878942_54315573	53947167	G G	GTGT GTGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01106.hp1 HG02056.hp2 HG04228.hp2 HG01106.hp1 HG02056.hp2 HG04228.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0002g0167 a0001c0002t0001g0014 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0002g0167 a0001c0002t0001g0014	3	206	0.0146	3	c.463 others(22): Show c.463-60455_463-60454insACA	ARL15	ENSG00000185305.12	transcript	ENST00000504924.6	protein_coding	4/4			chr5	TogoVar
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