Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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LRRC27_chr10_132327193_132386508	132364373	C C	CCACGCTT others(3313): Show CCACGCTTACATCTACCTCCACGCCCACACTCACACCCACCCACACTTAC ACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACGCTTACACCCACACTTACAC CCACCCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCTTACACCC ACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACAC CCACCCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTACACCC ACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACAC CCACCCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTACACCC ACCCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACAC CCACACTTACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCCACGCTTACATCT ACCTCCACGCCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACAT CTACCTCCACACCCACGCTTACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTAC ATCTACCTCCACACCCGCACTTACACCCACCCTTACATCTACCTCCACAC CCGCGCTTACACCCACCCACACTTACACCCACCCTTACATCTACCTCCAC ACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACCCTTACATCTACCTCC ACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCT CCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCAC ACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCC ACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCAC CCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTACATCT ACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACACTTACAT CTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACACTTAC ATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACGCTT ACATCTACCTCCACGCCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGC TTACATCTACCTCCACGCCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCAC GCTTACATCTACCTCCACACCCGCACTTACATCCACCCACACTTACACCC ACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACACTTACATCTAC CTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACACTTACATCT ACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACAT CTACCTCCACACCCGCACTTACATCCACCCACACTTACATCTACCTCCAC ACCCACACTCACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACAC CCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCAC ACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCGCACTT ACATCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACAC TTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCAC ACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCGCACTTACATCCACCC ACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACACTTACATCTAC CTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACACTTACATCT ACCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCAC ACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCC ACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCAC CCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCC ACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACAC CCACCCTTACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCCACACTTACATCT ACCTCCACACTCGCACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCAC ACTTACACCCACCCTTACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCCACAC TTACATCTACCTCCACACTCGCACTTACACCCACACTTACATCTACCTCC ACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCT CCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTAC CTCCACACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACAC TCACACCCACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCAC ACTTACACCCACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCC ACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACAC CCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCC ACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACAC CCACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTAC ACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTT ACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACGCTTAC ATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTT ACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACGC TTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACATCTAC CTCCACACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACAC TTACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCAC ACTCACACCCACCCACACTTACACCCACCCTTACATCTACCTCCACACCC GCGCTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCCAC CCACACTTACACCCACCCTTACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCC ACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACAC CCACGCTTACATCTACCTCCA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18969.hp2 NA18969.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0040 a0001c0001t0040	a0001c0001t0040g0139 a0001c0001t0040g0139	1	290	0.0035	3320	c.129 others(3339): Show c.1290-1048_1290-1047insGCTTACATCTACCTCCACGCCCACAC TCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCAC GCTTACACCCACACTTACACCCACCCTTACATCTACCTCCACACCCACAC TTACACCCACCCTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTT ACACCCACCCACACTTACACCCACCCTTACATCTACCTCCACACCCACAC 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TTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACTCGCACTTACACCCACGCTT ACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCTTACATCTACCTCCAC ACCCGCGCTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACTCGCACTTACAC CCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTAC ACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTT ACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACGCTTAC ATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACACTT ACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACAC TTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCAC GCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCT CCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACACTTACATCTAC CTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACACTTACATCT ACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACAT CTACCTCCACACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCC ACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCAC CCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCC ACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACAC CCACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTAC ATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACGCTT 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GGGGAACACTGCGACTTCCAGTTCAGCGATGGCAACACTTGTGGGGCTTC CTTTTTGAACAGCACCCATTCCCTTGATGTCTGCAGTATCACCTTTCTTA TAGGTTCGCATATACGTGGCCAGAGGAACGACTCTTTTCTAAAAGGCCGG AGAACGTGTATCGGTGCCTCTCCTCTTTCCCTTTGTGTGCATTTGGGTGC ATTACTGGAAGATGGCGGTTCCCGCCGAAAGGCCACAGATGGCATTTTTA AGGTGATTGGTTCACATGCAGTTCAGCTGCACACAAATGCACGTGCTCAT CACTGACACCAGGCCGAGGGTTAACCTCATTCAAGTCACCTAATCTCTTT TTTTTTTTTTTTCTGACACAGAGTCTCACTGTGTCGCCCAGGCTGGAGTG CAGTGGCACAATCACAGTAGTGAGCCCCTCGCTGAGCCGCCCTGGGAGCA CCCAGGTGTTGGACAGATGCAGGACTGAGGCTGAAGAGGCTGGTTCTGAA AGGCCCGTCAGCTGTGCCTTTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02559.hp1 HG02559.hp1	a0001 a0001	a0001c0010 a0001c0010	a0001c0010t0002 a0001c0010t0002	a0001c0010t0002g0338 a0001c0010t0002g0338	1	390	0.0026	3321	c.122 others(3338): Show c.1221+142_1221+143insTGAGAACAGAGCGGGGGTGCCGTAGGCA TGGATGCCTCTCACCGTCTGCGCCGGCGGCCCCTCCTTCACCTTCTGCGC CGGCGGCCCCTCCTTCGCCGTCTGCGCCGGCGGCCTCTTCTCATCAGTTC TGCTCAAGTCTCTCTTGGATCTCCCCTTGCCCCTTTGTGACCTCATGGTG 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GTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGT GGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGG TAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTA GTAGTAGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGT AGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGG TGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTA GTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGT AGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGG TAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTA GTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGT GGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGG TAGTAGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTA GTGGTTGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGT GGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAG TAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTG GTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTTGT GGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGG TGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTGGTAGTA GTAGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGT 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TGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTA GTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGT AGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGG TGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTT GTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGT GGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGG TGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTA GTAGTGGTTGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGT AGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAG TGGTAATAGTAGTAGTGGTGGTTGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTA GTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGT AGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAG TGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTT GTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGT GGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGG TAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTG GTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGT GGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGG TAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTA 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AGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAG TAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTG GTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTGGT AATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTAGTAGTGGTAG TAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTG GTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGCAGTGATAGTAATAGTAGTGGTGGT	DLEC1	ENSG00000008226.20	transcript	ENST00000308059.11	protein_coding	7/36		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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TGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTA GTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGT AGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGG TGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTT GTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGT GGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGG TGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTA GTAGTGGTTGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGT AGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAG TGGTAATAGTAGTAGTGGTGGTTGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTA GTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGT AGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAG TGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTT GTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGT GGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGG TAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTG GTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGT GGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGG TAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTA 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AGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAG TAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTG GTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTGGT AATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTAGTAGTGGTAG TAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTG GTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGCAGTGATAGTAATAGTAGTGGTGGT	DLEC1	ENSG00000008226.20	transcript	ENST00000308059.11	protein_coding	7/36		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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