JoGo: Joint Open Genome and Omics Platform

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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SRP68_chr17_76033785_76077517	76073501	G G	GGCCAGGC others(3424): Show GGCCAGGCTGGTCTCGAACGCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTCGGC CTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACAGCTCCCGGCCTCAGA GGTCAGGCGTTCCAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTA CCAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTATGCTAGCGGGTGCCAGTAATCCCA GCTACTCGGGAGGCTGAGCGCTTAAAACTCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTG GGCTGAGATCGGGCCACTGCACTCCAGCCTAGGTGAGGGAGTGAGACTGT CTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAGTGTCTGGCCAGGTGTGATGGAT CACACCTGTAATCACAGCACTTTGGGAGGCCAGGCTGAAGATTGCTTGAG GCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCCCTGTCTCCA CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAATAAAAT TAGCCAGGAGTGGTGGCACCCACCTGTAGTCCCGGTGACTTGAGAGACTG AGATAGAAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGGTTACAGTGAGTTATG ATCATGCCACTGCACTCCAGGCTGGGTGACAGAACAAGACCCTATCTCTA AAAATAAGTAAATAATTTTTTTTAAAAAGTAAGTGTCCCAAATGTTCATT GATAAGTGAATGGAAAAATAGAATGTGGTATAATGATACAATGGAATATT ATTTGACCATAAAAAGGAGTGAAGTGGCCAGGCGTGGTGGCTCATGCCTG TTATCCCAGCATTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCGGG AGTTCAAAACCAGCCTGACCAACATGGAGAAAACCCATCCCTACTAAAAA TACAAAATTAGCTGAGTGTGGTGCGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCAG GAGGCTGAGGCAGAAGAGTTACTTAAACCCGGGAGGCAGTGGTTGTGGTG AGCCGAGATCGTGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAACAACAGTGAAACTC CGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGGAGTGAAGTACTGATTATGCTACAATGT GGATGAACTTTGAAAAACATCATGCTAAATGAAAGAAGCCACACACAAAA GGCCACATATTGTATGATTTTGTTTATATGCAATGTTAAGTATAGGCAAA TCTGTAGAGACAAAAAGTAGATCGGTGGTTGTCTGGGCCTGTGGAGATGG GGTAGGGATGGAGATGGGAGATTGGAGACTAAGGGCTAATGGGTATGAGT TTCTTTTGGTGGGGAAGAAAATGTTCTATAAGTGATTGTGGCAACTGTCA CACAACTCTGTGAATATACCAAAAACCAAATGAACACTTTAAATGGGCAA ATGGTATGATATGTGAATTCTATTTCTATTTTTCTTTTCTTTTTTCTTTT TTCTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTCGCCCGGGCTGGAGTGCAG TGGTGCAGTCATGGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCCAAGTTCAAGCGATT CTTCTGCCTCAGCCTCCAAAGTAGGTGGGACTACAGGTGCATGCCACCAC GCTTGGCTAATTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTC ACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCATGATCCACCTGC CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCACCCAGC CATGACATGTGAATTATATTTCGACAAAGCTGTTACCCAAAAAAAGTGGG ATTATGTTAGTCCTCTAGTCAAAACCATGCACTGCCACCTCATTTGATGA 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GGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTTGTAGTAGTGGTGGTGGTGTAGTAGTAGT AGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGTAGGTGGTGG TGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTG GTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGT GGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAG TAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTG GTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGT TGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGG TGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTG GTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGT AGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGG TAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTA GTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGT GGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGG TGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTA GTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGT AGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAG TGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTA GTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGT 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