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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AOX1_chr2_200581014_200676495	200630548	G G	GAGGA GAGGA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00609.hp1 HG00639.hp1 others(43): Show HG00280.hp1 HG00609.hp1 HG00639.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02071.hp1 HG02109.hp1 HG02129.hp2 HG02280.hp1 HG02559.hp2 HG02647.hp1 HG02683.hp1 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02735.hp1 HG02738.hp1 HG02818.hp1 HG02897.hp1 HG02965.hp2 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03486.hp2 HG03654.hp1 HG03669.hp2 HG03834.hp2 HG04204.hp2 NA18522.hp1 NA18747.hp1 NA18965.hp1 NA18978.hp2 NA18998.hp1 NA19007.hp2 NA19011.hp2 NA19030.hp2 NA19055.hp1	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0001 a0001c0005 a0002c0002 others(3): Show a0001c0001 a0001c0005 a0002c0002 a0003c0003 a0003c0009 a0003c0026	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0005t0002 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0005t0002 a0002c0002t0003 a0002c0002t0007 a0003c0003t0001 a0003c0003t0004 a0003c0009t0001 a0003c0026t0001	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0041 others(43): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0001g0263 a0001c0001t0001g0269 a0001c0001t0001g0273 a0001c0001t0001g0308 a0001c0001t0002g0017 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0002g0058 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0002g0175 a0001c0001t0002g0208 a0001c0001t0002g0272 a0001c0001t0002g0278 a0001c0001t0002g0279 a0001c0001t0002g0299 a0001c0005t0002g0217 a0002c0002t0003g0039 a0002c0002t0003g0040 a0002c0002t0003g0047 a0002c0002t0003g0049 a0002c0002t0003g0059 a0002c0002t0003g0081 a0002c0002t0007g0252 a0003c0003t0001g0261 a0003c0003t0004g0214 a0003c0003t0004g0276 a0003c0009t0001g0361 a0003c0026t0001g0213	46	370	0.1243	4	c.222 others(23): Show c.2221+3148_2221+3151dupAGGA	AOX1	ENSG00000138356.14	transcript	ENST00000374700.7	protein_coding	20/34		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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