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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AP1S3_chr2_223750326_223842582	223833882	T T	TTTTA TTTTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 others(89): Show HG00099.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00544.hp1 HG00609.hp2 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG01074.hp2 HG01175.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp2 HG02015.hp1 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02109.hp2 HG02148.hp2 HG02155.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02300.hp1 HG02486.hp2 HG02572.hp2 HG02630.hp1 HG02683.hp1 HG02683.hp2 HG02717.hp2 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02818.hp1 HG02897.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03130.hp1 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp2 HG03516.hp1 HG03669.hp1 HG03688.hp2 HG03942.hp1 HG04115.hp2 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 HG04228.hp1 NA18906.hp2 NA18942.hp1 NA18946.hp1 NA18947.hp2 NA18953.hp1 NA18955.hp2 NA18970.hp1 NA18971.hp2 NA18973.hp2 NA18978.hp1 NA18978.hp2 NA18979.hp1 NA18980.hp2 NA18983.hp1 NA18983.hp2 NA18984.hp1 NA18985.hp2 NA18986.hp1 NA18986.hp2 NA18994.hp1 NA18998.hp2 NA19001.hp2 NA19007.hp1 NA19030.hp2 NA19057.hp1 NA19060.hp1 NA19063.hp1 NA19063.hp2 NA19065.hp1 NA19065.hp2 NA19080.hp2 NA19084.hp2 NA19086.hp1 NA19090.hp1 NA19091.hp2 NA20300.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0002 a0005 a0001 a0002 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 others(1): Show a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 a0005c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(26): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0018 a0001c0001t0021 a0001c0001t0023 a0001c0001t0024 a0001c0001t0025 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0048 a0001c0001t0050 a0001c0001t0059 a0001c0001t0069 a0001c0001t0070 a0001c0003t0034 a0002c0002t0002 a0005c0005t0046	a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0050 others(89): Show a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0290 a0001c0001t0001g0295 a0001c0001t0001g0296 a0001c0001t0001g0297 a0001c0001t0001g0302 a0001c0001t0001g0304 a0001c0001t0001g0305 a0001c0001t0001g0306 a0001c0001t0001g0327 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0041 a0001c0001t0002g0044 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0002g0060 a0001c0001t0002g0066 a0001c0001t0002g0076 a0001c0001t0002g0080 a0001c0001t0002g0081 a0001c0001t0002g0085 a0001c0001t0002g0163 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0294 a0001c0001t0002g0330 a0001c0001t0003g0052 a0001c0001t0003g0056 a0001c0001t0003g0062 a0001c0001t0003g0063 a0001c0001t0003g0071 a0001c0001t0003g0075 a0001c0001t0004g0073 a0001c0001t0005g0064 a0001c0001t0005g0067 a0001c0001t0005g0083 a0001c0001t0005g0298 a0001c0001t0005g0299 a0001c0001t0005g0300 a0001c0001t0005g0324 a0001c0001t0005g0326 a0001c0001t0005g0328 a0001c0001t0006g0072 a0001c0001t0006g0078 a0001c0001t0006g0289 a0001c0001t0006g0301 a0001c0001t0006g0329 a0001c0001t0007g0061 a0001c0001t0007g0170 a0001c0001t0009g0040 a0001c0001t0009g0166 a0001c0001t0009g0167 a0001c0001t0009g0168 a0001c0001t0009g0169 a0001c0001t0009g0181 a0001c0001t0009g0183 a0001c0001t0010g0325 a0001c0001t0010g0331 a0001c0001t0012g0180 a0001c0001t0012g0182 a0001c0001t0014g0307 a0001c0001t0015g0069 a0001c0001t0016g0045 a0001c0001t0016g0047 a0001c0001t0018g0068 a0001c0001t0021g0323 a0001c0001t0023g0293 a0001c0001t0024g0042 a0001c0001t0024g0054 a0001c0001t0025g0048 a0001c0001t0025g0079 a0001c0001t0027g0332 a0001c0001t0027g0335 a0001c0001t0028g0178 a0001c0001t0029g0303 a0001c0001t0048g0074 a0001c0001t0050g0077 a0001c0001t0059g0082 a0001c0001t0069g0059 a0001c0001t0070g0308 a0001c0003t0034g0164 a0002c0002t0002g0291 a0002c0002t0002g0292 a0005c0005t0046g0065	92	340	0.2706	4	c.3+3 others(17): Show c.3+3562_3+3565dupTAAA	AP1S3	ENSG00000152056.18	transcript	ENST00000396654.7	protein_coding	1/4			chr2	TogoVar
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