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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD16B_chr20_63856498_63867988	63866088	A A	ATTTC ATTTC	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02071.hp1 HG02080.hp2 HG02451.hp1 others(5): Show HG02071.hp1 HG02080.hp2 HG02451.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG03453.hp1 NA18983.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0006	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0017 others(3): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0017 a0002c0002 a0003c0016 a0006c0007	a0001c0001t0001 a0001c0004t0001 a0001c0017t0001 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0004t0001 a0001c0017t0001 a0002c0002t0001 a0003c0016t0001 a0006c0007t0001	a0001c0001t0001g0000 a0001c0004t0001g0000 a0001c0017t0001g0000 others(3): Show a0001c0001t0001g0000 a0001c0004t0001g0000 a0001c0017t0001g0000 a0002c0002t0001g0000 a0003c0016t0001g0000 a0006c0007t0001g0000	8	398	0.0201	4	c.31 others(15): Show c.3138_*3139insTTTC	ABHD16B	ENSG00000183260.7	transcript	ENST00000369916.5	protein_coding		3101		chr20	TogoVar
ABHD17A_chr19_1871810_1890496	1886552	G G	GATAA GATAA	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00558.hp2 HG00639.hp2 others(100): Show HG00423.hp1 HG00558.hp2 HG00639.hp2 HG01106.hp1 HG01192.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01884.hp2 HG01928.hp2 HG01981.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp2 HG02129.hp2 HG02145.hp1 HG02165.hp1 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02683.hp2 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02723.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03579.hp2 HG03688.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp2 HG06807.hp1 NA18522.hp1 NA18612.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18942.hp1 NA18942.hp2 NA18944.hp1 NA18947.hp2 NA18952.hp2 NA18954.hp2 NA18959.hp1 NA18962.hp1 NA18964.hp2 NA18969.hp2 NA18971.hp2 NA18974.hp1 NA18974.hp2 NA18975.hp2 NA18980.hp1 NA18980.hp2 NA18981.hp1 NA18981.hp2 NA18985.hp1 NA18986.hp1 NA18987.hp1 NA18990.hp1 NA18992.hp1 NA18993.hp2 NA18994.hp2 NA18997.hp1 NA18997.hp2 NA18999.hp1 NA18999.hp2 NA19003.hp2 NA19010.hp1 NA19043.hp2 NA19056.hp1 NA19058.hp1 NA19060.hp2 NA19063.hp2 NA19065.hp2 NA19070.hp1 NA19079.hp2 NA19083.hp2 NA19086.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp2 NA20905.hp2 NA21309.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0003t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 others(25): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0005g0038 a0001c0003t0001g0024	103	416	0.2476	4	c.-14 others(15): Show c.-1440_-1439insTTAT	ABHD17A	ENSG00000129968.17	transcript	ENST00000292577.12	protein_coding		1057		chr19	TogoVar
ABHD17B_chr9_71860152_71916193	71862293	A A	ATAAC ATAAC	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(170): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 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