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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ARID5B_chr10_61896699_62101944	61936896	C C	CTGAA CTGAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp1 others(9): Show HG00099.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01255.hp2 HG01361.hp2 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03831.hp1 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 others(4): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0024 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005	a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0005g0057 others(9): Show a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0005g0057 a0001c0001t0006g0040 a0001c0001t0024g0039 a0001c0002t0001g0052 a0001c0002t0001g0065 a0001c0002t0001g0120 a0001c0002t0001g0225 a0001c0002t0002g0119 a0001c0002t0005g0201 a0001c0002t0005g0215	12	242	0.0496	4	c.277 others(21): Show c.277-3286_277-3283dupTGAA	ARID5B	ENSG00000150347.17	transcript	ENST00000279873.12	protein_coding	2/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ARID5B_chr10_61896699_62101944	61938964	A A	AGTGT AGTGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01099.hp2 HG01106.hp2 HG01516.hp1 others(14): Show HG01099.hp2 HG01106.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG02080.hp2 HG02300.hp1 HG02559.hp2 HG02630.hp2 HG02818.hp1 HG03195.hp2 NA18906.hp2 NA18945.hp1 NA18959.hp1 NA18982.hp1 NA19085.hp2 NA20752.hp1 NA20752.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0017 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0056 others(14): Show a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0002g0126 a0001c0001t0002g0148 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0192 a0001c0001t0003g0213 a0001c0001t0005g0086 a0001c0001t0006g0111 a0001c0001t0017g0070 a0001c0002t0001g0099	17	242	0.0703	4	c.277 others(21): Show c.277-1182_277-1179dupGTGT	ARID5B	ENSG00000150347.17	transcript	ENST00000279873.12	protein_coding	2/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ARID5B_chr10_61896699_62101944	61940923	C C	CTATA CTATA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01169.hp2 HG01928.hp2 NA20129.hp1 HG01169.hp2 HG01928.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004	a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0002g0069 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0002g0069 a0001c0001t0004g0198	3	242	0.0124	4	c.502 others(19): Show c.502+555_502+558dupATAT	ARID5B	ENSG00000150347.17	transcript	ENST00000279873.12	protein_coding	3/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ARID5B_chr10_61896699_62101944	61947261	C C	CTTTT CTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00621.hp2 others(28): Show HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00621.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01928.hp1 HG02109.hp2 HG02135.hp1 HG02165.hp1 HG02258.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02630.hp2 HG02965.hp2 HG03195.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03579.hp2 HG03831.hp1 NA18944.hp2 NA18948.hp1 NA18963.hp2 NA18966.hp1 NA18968.hp2 NA18974.hp1 NA18990.hp2 NA18999.hp1 NA19057.hp2 NA19058.hp2 NA19064.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(9): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0012 a0001c0001t0023 a0001c0002t0001 a0001c0002t0005 a0001c0003t0003 a0001c0005t0010	a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0097 others(28): Show a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0118 a0001c0001t0002g0165 a0001c0001t0003g0021 a0001c0001t0003g0169 a0001c0001t0003g0204 a0001c0001t0003g0235 a0001c0001t0004g0013 a0001c0001t0004g0115 a0001c0001t0004g0130 a0001c0001t0004g0156 a0001c0001t0004g0186 a0001c0001t0004g0190 a0001c0001t0005g0003 a0001c0001t0005g0025 a0001c0001t0005g0075 a0001c0001t0005g0083 a0001c0001t0006g0111 a0001c0001t0012g0011 a0001c0001t0023g0117 a0001c0002t0001g0052 a0001c0002t0005g0201 a0001c0002t0005g0215 a0001c0003t0003g0179 a0001c0005t0010g0210	31	242	0.1281	4	c.502 others(21): Show c.502+6875_502+6878dupTTTT	ARID5B	ENSG00000150347.17	transcript	ENST00000279873.12	protein_coding	3/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
ARID5B_chr10_61896699_62101944	61952843	G G	GGTGT GGTGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG01243.hp1 others(18): Show HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01433.hp1 HG01928.hp1 HG02083.hp2 HG02135.hp1 HG02165.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03831.hp1 NA18944.hp2 NA18948.hp1 NA18963.hp2 NA18966.hp1 NA18968.hp2 NA18972.hp1 NA18974.hp1 NA18990.hp2 NA19007.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0012 a0001c0001t0023 a0001c0002t0001 a0001c0002t0005 a0001c0003t0003	a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0097 others(18): Show a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0109 a0001c0001t0002g0165 a0001c0001t0003g0204 a0001c0001t0003g0205 a0001c0001t0003g0235 a0001c0001t0004g0027 a0001c0001t0004g0115 a0001c0001t0004g0130 a0001c0001t0004g0139 a0001c0001t0004g0186 a0001c0001t0005g0025 a0001c0001t0012g0011 a0001c0001t0023g0117 a0001c0002t0001g0052 a0001c0002t0005g0201 a0001c0002t0005g0215 a0001c0003t0003g0179	21	242	0.0868	4	c.502 others(23): Show c.502+12459_502+12462dupTGTG	ARID5B	ENSG00000150347.17	transcript	ENST00000279873.12	protein_coding	3/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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