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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ARL11_chr13_49623507_49638872	49638850	G G	GCATT GCATT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00544.hp1 HG01891.hp2 HG02300.hp2 others(1): Show HG00544.hp1 HG01891.hp2 HG02300.hp2 NA19076.hp1	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0003	a0001c0003t0001 a0001c0003t0001	a0001c0003t0001g0004 a0001c0003t0001g0018 a0001c0003t0001g0004 a0001c0003t0001g0018	4	456	0.0088	4	c.78 others(15): Show c.7812_*7813insCATT	ARL11	ENSG00000152213.4	transcript	ENST00000282026.2	protein_coding		4979		chr13	TogoVar
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ARL13A_chrX_100964708_100995831	100982506	T T	TAAAA TAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA20300.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0202	1	280	0.0036	4	c.131 others(21): Show c.131-3160_131-3157dupAAAA	ARL13A	ENSG00000174225.15	transcript	ENST00000450049.7	protein_coding	3/7		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ARL13A_chrX_100964708_100995831	100988851	C C	CATAT CATAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp1 HG01099.hp1 HG01167.hp1 others(13): Show HG00621.hp1 HG01099.hp1 HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG02135.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02970.hp2 HG03654.hp1 HG03704.hp1 NA19077.hp2 NA19084.hp2 NA20752.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0002c0002t0001 a0001c0001t0001 a0002c0002t0001	a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0088 others(11): Show a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0149 a0002c0002t0001g0012 a0002c0002t0001g0183 a0002c0002t0001g0184 a0002c0002t0001g0186 a0002c0002t0001g0187 a0002c0002t0001g0188 a0002c0002t0001g0192 a0002c0002t0001g0195 a0002c0002t0001g0196 a0002c0002t0001g0197	16	280	0.0571	4	c.744 others(19): Show c.744+595_744+598dupATAT	ARL13A	ENSG00000174225.15	transcript	ENST00000450049.7	protein_coding	7/7		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ARL13B_chr3_93975155_94060678	93980726	A A	AGTGT AGTGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG02300.hp1 HG02965.hp1 others(5): Show HG01884.hp1 HG02300.hp1 HG02965.hp1 HG03239.hp1 HG03486.hp2 HG03579.hp2 HG03688.hp2 NA18954.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0001g0256 others(5): Show a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0001g0257 a0001c0001t0001g0258 a0001c0001t0001g0259 a0001c0001t0002g0260 a0001c0001t0002g0261	8	264	0.0303	4	c.59+ others(17): Show c.59+276_59+279dupTGTG	ARL13B	ENSG00000169379.17	transcript	ENST00000394222.8	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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