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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ASXL2_chr2_25728753_25883487	25803133	A A	AAATG AAATG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00323.hp1 others(96): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00323.hp1 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01109.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02056.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02280.hp2 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02602.hp1 HG02615.hp2 HG02723.hp2 HG02735.hp1 HG03017.hp1 HG03098.hp2 HG03239.hp1 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03688.hp1 HG03688.hp2 HG03710.hp1 HG03834.hp2 HG03927.hp2 HG03942.hp1 HG03942.hp2 HG04204.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp2 NA18941.hp2 NA18951.hp1 NA18951.hp2 NA18954.hp1 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18955.hp2 NA18961.hp1 NA18961.hp2 NA18963.hp2 NA18972.hp1 NA18972.hp2 NA18975.hp1 NA18975.hp2 NA18977.hp2 NA19010.hp1 NA19011.hp1 NA19011.hp2 NA19030.hp2 NA19081.hp1 NA19089.hp1 NA20129.hp2 NA20905.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0009 others(1): Show a0001 a0002 a0009 a0010	a0001c0001 a0001c0012 a0002c0002 others(3): Show a0001c0001 a0001c0012 a0002c0002 a0002c0003 a0009c0013 a0010c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(23): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0033 a0001c0001t0036 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0039 a0001c0001t0042 a0001c0001t0046 a0001c0001t0048 a0001c0001t0052 a0001c0012t0032 a0002c0002t0006 a0002c0002t0021 a0002c0003t0008 a0009c0013t0006 a0010c0006t0001	a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0104 others(96): Show a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0167 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0017 a0001c0001t0002g0018 a0001c0001t0002g0021 a0001c0001t0002g0023 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0026 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0044 a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0002g0052 a0001c0001t0002g0068 a0001c0001t0002g0070 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0004g0082 a0001c0001t0004g0170 a0001c0001t0004g0177 a0001c0001t0004g0185 a0001c0001t0004g0193 a0001c0001t0004g0194 a0001c0001t0004g0202 a0001c0001t0007g0180 a0001c0001t0007g0201 a0001c0001t0009g0022 a0001c0001t0009g0027 a0001c0001t0009g0043 a0001c0001t0014g0020 a0001c0001t0014g0048 a0001c0001t0014g0072 a0001c0001t0015g0054 a0001c0001t0015g0062 a0001c0001t0022g0163 a0001c0001t0022g0189 a0001c0001t0023g0157 a0001c0001t0023g0188 a0001c0001t0027g0174 a0001c0001t0028g0165 a0001c0001t0033g0080 a0001c0001t0036g0040 a0001c0001t0037g0019 a0001c0001t0038g0041 a0001c0001t0039g0107 a0001c0001t0042g0081 a0001c0001t0046g0176 a0001c0001t0048g0197 a0001c0001t0052g0195 a0001c0012t0032g0016 a0002c0002t0006g0053 a0002c0002t0006g0055 a0002c0002t0006g0056 a0002c0002t0006g0060 a0002c0002t0006g0061 a0002c0002t0021g0058 a0002c0002t0021g0059 a0002c0003t0008g0075 a0002c0003t0008g0076 a0002c0003t0008g0077 a0002c0003t0008g0078 a0002c0003t0008g0079 a0009c0013t0006g0057 a0010c0006t0001g0182	99	222	0.4460	4	c.252 others(21): Show c.252+3092_252+3095dupCATT	ASXL2	ENSG00000143970.18	transcript	ENST00000435504.9	protein_coding	4/12			chr2	TogoVar
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