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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ATAD2B_chr2_23743664_23932123	23808014	A A	ATAAT ATAAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp2 others(21): Show HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp2 HG01243.hp1 HG01257.hp2 HG01433.hp1 HG02080.hp2 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02165.hp1 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03688.hp2 HG03710.hp1 HG03834.hp1 NA18986.hp2 NA19086.hp2 NA20752.hp1 NA20905.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0003 a0001c0002t0001 a0001c0002t0003 others(2): Show a0001c0001t0003 a0001c0002t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0007 a0001c0002t0012	a0001c0001t0003g0007 a0001c0001t0003g0107 a0001c0001t0003g0224 others(21): Show a0001c0001t0003g0007 a0001c0001t0003g0107 a0001c0001t0003g0224 a0001c0002t0001g0238 a0001c0002t0003g0225 a0001c0002t0003g0226 a0001c0002t0003g0227 a0001c0002t0003g0228 a0001c0002t0003g0229 a0001c0002t0003g0230 a0001c0002t0003g0231 a0001c0002t0003g0232 a0001c0002t0003g0234 a0001c0002t0003g0235 a0001c0002t0003g0236 a0001c0002t0003g0237 a0001c0002t0003g0239 a0001c0002t0003g0240 a0001c0002t0003g0241 a0001c0002t0003g0242 a0001c0002t0003g0245 a0001c0002t0007g0243 a0001c0002t0007g0244 a0001c0002t0012g0233	24	246	0.0976	4	c.245 others(23): Show c.2454+2301_2454+2302insATTA	ATAD2B	ENSG00000119778.15	transcript	ENST00000238789.10	protein_coding	18/27			chr2	TogoVar
ATAD2B_chr2_23743664_23932123	23834152	C C	CTTTT CTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00735.hp2 HG02922.hp1 others(2): Show HG00140.hp2 HG00735.hp2 HG02922.hp1 HG03654.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0003c0005 a0001c0001 a0003c0005	a0001c0001t0001 a0003c0005t0003 a0001c0001t0001 a0003c0005t0003	a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0015 others(2): Show a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0015 a0003c0005t0003g0221 a0003c0005t0003g0222	5	246	0.0203	4	c.156 others(19): Show c.1569-78_1569-75dupAAAA	ATAD2B	ENSG00000119778.15	transcript	ENST00000238789.10	protein_coding	13/27			chr2	TogoVar
ATAD2B_chr2_23743664_23932123	23858112	T T	TTTTA TTTTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00323.hp2 others(10): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00323.hp2 HG00735.hp2 HG01069.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG02129.hp1 HG03017.hp2 HG03239.hp2 HG03654.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0001t0001 a0001c0001t0008	a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 others(10): Show a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0008g0001	13	246	0.0529	4	c.148 others(21): Show c.1480-613_1480-610dupTAAA	ATAD2B	ENSG00000119778.15	transcript	ENST00000238789.10	protein_coding	12/27			chr2	TogoVar
ATAD2B_chr2_23743664_23932123	23896153	C C	CAAAA CAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp2 others(16): Show HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp2 HG01243.hp1 HG01257.hp2 HG02080.hp2 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02165.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03688.hp2 HG03710.hp1 HG03834.hp1 NA18986.hp2 NA19086.hp2 NA20905.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0007 a0001c0002t0001 a0001c0002t0003 a0001c0002t0007	a0001c0002t0001g0238 a0001c0002t0003g0225 a0001c0002t0003g0226 others(16): Show a0001c0002t0001g0238 a0001c0002t0003g0225 a0001c0002t0003g0226 a0001c0002t0003g0228 a0001c0002t0003g0229 a0001c0002t0003g0230 a0001c0002t0003g0231 a0001c0002t0003g0232 a0001c0002t0003g0234 a0001c0002t0003g0235 a0001c0002t0003g0236 a0001c0002t0003g0237 a0001c0002t0003g0239 a0001c0002t0003g0240 a0001c0002t0003g0241 a0001c0002t0003g0242 a0001c0002t0003g0245 a0001c0002t0007g0243 a0001c0002t0007g0244	19	246	0.0772	4	c.217 others(19): Show c.217-187_217-184dupTTTT	ATAD2B	ENSG00000119778.15	transcript	ENST00000238789.10	protein_coding	1/27			chr2	TogoVar
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