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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ATG13_chr11_46612553_46679518	46622125	A A	ATATT ATATT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG02615.hp2 NA18978.hp2 HG01884.hp1 HG02615.hp2 NA18978.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0015 a0001c0003t0005 a0001c0001t0001 a0001c0001t0015 a0001c0003t0005	a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0015g0077 a0001c0003t0005g0211 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0015g0077 a0001c0003t0005g0211	3	218	0.0138	4	c.-70 others(21): Show c.-70+4241_-70+4244dupATTT	ATG13	ENSG00000175224.17	transcript	ENST00000683050.1	protein_coding	1/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr11	TogoVar
ATG13_chr11_46612553_46679518	46630568	C C	CTTTT CTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00609.hp1 HG00735.hp1 HG01070.hp2 others(100): Show HG00609.hp1 HG00735.hp1 HG01070.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01261.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01981.hp1 HG02004.hp1 HG02040.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp1 HG03491.hp1 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03710.hp1 HG04115.hp1 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp1 NA18942.hp1 NA18960.hp2 NA18964.hp2 NA18978.hp1 NA18984.hp1 NA18990.hp1 NA19010.hp2 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19082.hp1 NA19083.hp2 NA19090.hp1 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp2 NA20905.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(13): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0019 a0001c0002t0005 a0001c0002t0020 a0001c0002t0021 a0001c0003t0005 a0001c0004t0001	a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0067 others(99): Show a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0151 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0008 a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0013 a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0016 a0001c0001t0002g0017 a0001c0001t0002g0018 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0002g0020 a0001c0001t0002g0044 a0001c0001t0002g0045 a0001c0001t0002g0046 a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0002g0048 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0052 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0002g0054 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0058 a0001c0001t0002g0059 a0001c0001t0002g0060 a0001c0001t0002g0061 a0001c0001t0002g0062 a0001c0001t0003g0043 a0001c0001t0004g0028 a0001c0001t0004g0029 a0001c0001t0004g0030 a0001c0001t0004g0031 a0001c0001t0004g0032 a0001c0001t0004g0033 a0001c0001t0004g0034 a0001c0001t0004g0035 a0001c0001t0004g0036 a0001c0001t0004g0037 a0001c0001t0004g0038 a0001c0001t0004g0039 a0001c0001t0004g0040 a0001c0001t0004g0042 a0001c0001t0008g0021 a0001c0001t0009g0023 a0001c0001t0009g0024 a0001c0001t0009g0041 a0001c0001t0011g0065 a0001c0001t0012g0096 a0001c0001t0013g0056 a0001c0001t0014g0027 a0001c0001t0019g0022 a0001c0002t0005g0210 a0001c0002t0005g0213 a0001c0002t0005g0214 a0001c0002t0005g0215 a0001c0002t0005g0216 a0001c0002t0020g0025 a0001c0002t0021g0026 a0001c0003t0005g0211 a0001c0003t0005g0212 a0001c0004t0001g0177	103	218	0.4725	4	c.-14 others(19): Show c.-14+482_-14+485dupTTTT	ATG13	ENSG00000175224.17	transcript	ENST00000683050.1	protein_coding	2/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr11	TogoVar
ATG13_chr11_46612553_46679518	46654281	T T	TTATA TTATA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG01070.hp2 HG01081.hp1 others(9): Show HG00735.hp1 HG01070.hp2 HG01081.hp1 HG01192.hp2 HG01257.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp2 HG02004.hp1 HG02145.hp1 HG02559.hp1 HG02976.hp1 HG03710.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0019 a0001c0001t0002 a0001c0001t0019	a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0008 a0001c0001t0002g0010 others(8): Show a0001c0001t0002g0001 a0001c0001t0002g0008 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0018 a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0002g0048 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0060 a0001c0001t0002g0061 a0001c0001t0019g0022	12	218	0.0551	4	c.459 others(21): Show c.459-1951_459-1950insATAT	ATG13	ENSG00000175224.17	transcript	ENST00000683050.1	protein_coding	7/18		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr11	TogoVar
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