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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ATG5_chr6_106179476_106330760	106246392	T T	TCACA TCACA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp2 HG02818.hp2 HG03540.hp2 HG01346.hp2 HG02818.hp2 HG03540.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0106	3	358	0.0084	4	c.573 others(21): Show c.573+1754_573+1757dupTGTG	ATG5	ENSG00000057663.16	transcript	ENST00000369076.8	protein_coding	6/7			chr6	TogoVar
ATG5_chr6_106179476_106330760	106259021	C C	CAGTT CAGTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00323.hp2 others(230): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01074.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01255.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG02040.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 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