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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ATP7A_chrX_77905693_78055395	77987457	T T	TGTGC TGTGC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 others(48): Show HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00609.hp1 HG00621.hp1 HG00735.hp1 HG01074.hp1 HG01258.hp1 HG01433.hp1 HG01515.hp1 HG01517.hp2 HG02040.hp1 HG02056.hp1 HG02080.hp1 HG02135.hp1 HG02165.hp1 HG02300.hp1 HG02486.hp1 HG02683.hp1 HG03239.hp1 HG03516.hp2 HG03654.hp1 HG03927.hp2 HG04184.hp2 NA18940.hp1 NA18942.hp1 NA18944.hp1 NA18945.hp1 NA18947.hp2 NA18951.hp1 NA18952.hp1 NA18953.hp1 NA18960.hp1 NA18966.hp1 NA18974.hp1 NA18975.hp2 NA18989.hp1 NA18994.hp1 NA19004.hp1 NA19007.hp1 NA19011.hp2 NA19062.hp1 NA19063.hp1 NA19065.hp1 NA19066.hp1 NA19076.hp1 NA19079.hp1 NA19082.hp1 NA19085.hp1 NA21309.hp2	a0002 a0003 a0009 a0002 a0003 a0009	a0002c0002 a0003c0003 a0009c0010 a0002c0002 a0003c0003 a0009c0010	a0002c0002t0002 a0002c0002t0003 a0002c0002t0006 others(6): Show a0002c0002t0002 a0002c0002t0003 a0002c0002t0006 a0002c0002t0012 a0002c0002t0014 a0002c0002t0015 a0002c0002t0018 a0003c0003t0002 a0009c0010t0026	a0002c0002t0002g0023 a0002c0002t0002g0037 a0002c0002t0002g0040 others(47): Show a0002c0002t0002g0023 a0002c0002t0002g0037 a0002c0002t0002g0040 a0002c0002t0002g0042 a0002c0002t0002g0044 a0002c0002t0002g0045 a0002c0002t0002g0048 a0002c0002t0002g0049 a0002c0002t0002g0050 a0002c0002t0002g0051 a0002c0002t0002g0053 a0002c0002t0002g0054 a0002c0002t0002g0055 a0002c0002t0002g0059 a0002c0002t0002g0060 a0002c0002t0002g0062 a0002c0002t0002g0064 a0002c0002t0002g0067 a0002c0002t0002g0069 a0002c0002t0002g0077 a0002c0002t0002g0103 a0002c0002t0002g0116 a0002c0002t0002g0195 a0002c0002t0002g0223 a0002c0002t0003g0028 a0002c0002t0003g0029 a0002c0002t0003g0030 a0002c0002t0003g0031 a0002c0002t0003g0032 a0002c0002t0003g0035 a0002c0002t0003g0115 a0002c0002t0006g0001 a0002c0002t0006g0105 a0002c0002t0006g0106 a0002c0002t0006g0107 a0002c0002t0006g0108 a0002c0002t0006g0109 a0002c0002t0006g0110 a0002c0002t0006g0111 a0002c0002t0006g0112 a0002c0002t0006g0113 a0002c0002t0012g0114 a0002c0002t0014g0073 a0002c0002t0015g0009 a0002c0002t0018g0076 a0003c0003t0002g0043 a0003c0003t0002g0056 a0003c0003t0002g0057 a0003c0003t0002g0061 a0009c0010t0026g0104	51	233	0.2189	4	c.121 others(19): Show c.121-782_121-781insCGTG	ATP7A	ENSG00000165240.22	transcript	ENST00000341514.11	protein_coding	2/22		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ATP7A_chrX_77905693_78055395	78002799	T T	TACAC TACAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00558.hp1 HG02602.hp1 HG03041.hp2 others(6): Show HG00558.hp1 HG02602.hp1 HG03041.hp2 HG03579.hp1 HG04184.hp1 NA18906.hp1 NA18962.hp1 NA21309.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0002c0002t0003	a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0199 others(6): Show a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0003g0016 a0001c0001t0005g0010 a0001c0001t0005g0136 a0001c0001t0005g0140 a0002c0002t0003g0115 a0002c0002t0003g0221	9	233	0.0386	4	c.154 others(21): Show c.1544-232_1544-229dupCACA	ATP7A	ENSG00000165240.22	transcript	ENST00000341514.11	protein_coding	5/22		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ATP7A_chrX_77905693_78055395	78022487	A A	ATGTT ATGTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp1 HG01109.hp1 HG02683.hp1 others(1): Show HG00735.hp1 HG01109.hp1 HG02683.hp1 HG03041.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0002c0002t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0002c0002t0002	a0001c0001t0003g0016 a0001c0001t0005g0137 a0002c0002t0002g0050 others(1): Show a0001c0001t0003g0016 a0001c0001t0005g0137 a0002c0002t0002g0050 a0002c0002t0002g0103	4	233	0.0172	4	c.291 others(23): Show c.2916+1426_2916+1429dupGTTT	ATP7A	ENSG00000165240.22	transcript	ENST00000341514.11	protein_coding	14/22		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ATP7A_chrX_77905693_78055395	78022501	G G	GTTTA GTTTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01884.hp1 others(9): Show HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01884.hp1 HG02559.hp1 HG02922.hp1 HG02970.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03453.hp2 NA18522.hp1 NA19030.hp1	a0002 a0008 a0002 a0008	a0002c0002 a0008c0009 a0002c0002 a0008c0009	a0002c0002t0003 a0002c0002t0016 a0008c0009t0003 a0002c0002t0003 a0002c0002t0016 a0008c0009t0003	a0002c0002t0003g0024 a0002c0002t0003g0036 a0002c0002t0003g0079 others(9): Show a0002c0002t0003g0024 a0002c0002t0003g0036 a0002c0002t0003g0079 a0002c0002t0003g0080 a0002c0002t0003g0081 a0002c0002t0003g0083 a0002c0002t0003g0085 a0002c0002t0003g0086 a0002c0002t0003g0087 a0002c0002t0003g0117 a0002c0002t0016g0084 a0008c0009t0003g0078	12	233	0.0515	4	c.291 others(23): Show c.2916+1425_2916+1426insATTT	ATP7A	ENSG00000165240.22	transcript	ENST00000341514.11	protein_coding	14/22		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
ATP7A_chrX_77905693_78055395	78022505	G G	GTTTA GTTTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00544.hp1 others(140): Show HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp2 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp1 HG01256.hp1 HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01496.hp1 HG01517.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG02015.hp1 HG02027.hp1 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02165.hp2 HG02258.hp1 HG02273.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02647.hp1 HG02683.hp2 HG02717.hp1 HG02735.hp1 HG02738.hp1 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp1 HG03239.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp1 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 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