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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
AXL_chr19_41214223_41266766	41256080	G G	GGTGT GGTGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00280.hp2 HG00423.hp1 others(58): Show HG00099.hp1 HG00280.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00733.hp2 HG00735.hp2 HG01167.hp1 HG01192.hp1 HG01257.hp2 HG01358.hp1 HG01934.hp2 HG01952.hp1 HG02027.hp2 HG02056.hp2 HG02083.hp2 HG02129.hp2 HG02165.hp1 HG02280.hp1 HG02615.hp2 HG02647.hp2 HG02738.hp2 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp2 HG04115.hp2 HG06807.hp2 NA18946.hp2 NA18950.hp2 NA18959.hp2 NA18962.hp1 NA18964.hp2 NA18977.hp2 NA18981.hp1 NA18982.hp2 NA18984.hp1 NA18986.hp1 NA18988.hp1 NA18989.hp2 NA18995.hp1 NA18997.hp1 NA18999.hp1 NA19007.hp1 NA19009.hp2 NA19012.hp2 NA19060.hp1 NA19065.hp1 NA19079.hp1 NA19081.hp2 NA19082.hp2 NA19084.hp2 NA19085.hp2 NA19091.hp2 NA19240.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0004c0006 a0001c0001 a0004c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0013 a0001c0001t0015 a0001c0001t0051 a0004c0006t0015	a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0136 others(52): Show a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0002g0003 a0001c0001t0002g0136 a0001c0001t0002g0144 a0001c0001t0002g0145 a0001c0001t0002g0146 a0001c0001t0002g0147 a0001c0001t0002g0148 a0001c0001t0002g0149 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0185 a0001c0001t0002g0186 a0001c0001t0002g0194 a0001c0001t0002g0197 a0001c0001t0002g0218 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0002g0228 a0001c0001t0002g0240 a0001c0001t0002g0241 a0001c0001t0002g0242 a0001c0001t0002g0243 a0001c0001t0002g0244 a0001c0001t0002g0252 a0001c0001t0002g0262 a0001c0001t0002g0264 a0001c0001t0002g0269 a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0003g0022 a0001c0001t0003g0025 a0001c0001t0003g0033 a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0003g0050 a0001c0001t0003g0069 a0001c0001t0003g0071 a0001c0001t0003g0072 a0001c0001t0003g0113 a0001c0001t0003g0118 a0001c0001t0003g0119 a0001c0001t0003g0172 a0001c0001t0003g0280 a0001c0001t0003g0287 a0001c0001t0006g0003 a0001c0001t0013g0001 a0001c0001t0013g0051 a0001c0001t0013g0062 a0001c0001t0013g0068 a0001c0001t0013g0107 a0001c0001t0015g0166 a0001c0001t0015g0174 a0001c0001t0015g0184 a0001c0001t0015g0187 a0001c0001t0015g0286 a0001c0001t0051g0179 a0004c0006t0015g0247	61	314	0.1943	4	c.203 others(21): Show c.2037-354_2037-351dupTGTG	AXL	ENSG00000167601.12	transcript	ENST00000301178.9	protein_coding	17/19		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
AXL_chr19_41214223_41266766	41260298	C C	CTTTT CTTTT	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01099.hp1 others(8): Show HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01099.hp1 HG01168.hp2 HG02040.hp1 HG02135.hp2 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG03130.hp1 HG03239.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0010 a0001c0001t0027 a0001c0001t0010 a0001c0001t0027	a0001c0001t0010g0012 a0001c0001t0010g0084 a0001c0001t0010g0092 others(7): Show a0001c0001t0010g0012 a0001c0001t0010g0084 a0001c0001t0010g0092 a0001c0001t0010g0094 a0001c0001t0010g0122 a0001c0001t0010g0123 a0001c0001t0010g0127 a0001c0001t0027g0168 a0001c0001t0027g0205 a0001c0001t0027g0255	11	314	0.0350	4	c.42 others(13): Show c.422_*425dupTTTT	AXL	ENSG00000167601.12	transcript	ENST00000301178.9	protein_coding	20/20	426	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
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