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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
BATF2_chr11_64982945_65001971	64987709	T T	TCACA TCACA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00738.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp1 others(14): Show HG00738.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG02004.hp2 HG02723.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG03098.hp1 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03579.hp2 HG04228.hp2 NA19074.hp2 NA19077.hp1 NA20752.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0005 a0001c0001t0001 a0001c0001t0005	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0011 others(5): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0005g0019 a0001c0001t0005g0027 a0001c0001t0005g0036	17	404	0.0421	4	c.14 others(15): Show c.1419_*1420insTGTG	BATF2	ENSG00000168062.10	transcript	ENST00000301887.9	protein_coding		235		chr11	TogoVar
BATF2_chr11_64982945_65001971	65000934	C C	CTCTT CTCTT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00423.hp2 HG00438.hp2 HG01106.hp2 others(53): Show HG00423.hp2 HG00438.hp2 HG01106.hp2 HG02027.hp1 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02129.hp2 HG02145.hp1 HG02622.hp2 HG02735.hp1 HG02809.hp1 HG03195.hp2 HG03225.hp2 HG03471.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03579.hp1 HG03669.hp2 HG03927.hp2 HG04199.hp1 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp2 NA18747.hp2 NA18906.hp2 NA18939.hp2 NA18941.hp1 NA18941.hp2 NA18946.hp1 NA18948.hp1 NA18953.hp1 NA18959.hp1 NA18968.hp1 NA18969.hp2 NA18973.hp2 NA18975.hp2 NA18977.hp1 NA18979.hp1 NA18982.hp2 NA18984.hp1 NA18987.hp1 NA18995.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp1 NA19001.hp2 NA19005.hp2 NA19067.hp2 NA19074.hp2 NA19083.hp1 NA19084.hp1 NA19090.hp2 NA19091.hp1 NA20300.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0013	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 others(18): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0062 a0001c0001t0003g0009 a0001c0001t0006g0022 a0001c0001t0006g0056 a0001c0001t0007g0031 a0001c0001t0013g0052	56	404	0.1386	4	c.-40 others(15): Show c.-4021_-4020insAAGA	BATF2	ENSG00000168062.10	transcript	ENST00000301887.9	protein_coding		3964		chr11	TogoVar
BATF3_chr1_212681417_212704840	212687967	A A	AAAAG AAAAG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00738.hp1 HG01081.hp1 HG01243.hp1 others(20): Show HG00738.hp1 HG01081.hp1 HG01243.hp1 HG01261.hp2 HG01934.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG03942.hp1 NA18522.hp2 NA18942.hp2 NA18943.hp2 NA18945.hp2 NA18946.hp2 NA18951.hp2 NA18965.hp2 NA18979.hp1 NA18982.hp1 NA18984.hp1 NA19003.hp1 NA19054.hp2 NA19056.hp2 NA19070.hp1 NA19087.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0002c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0002c0002t0001	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0128 others(11): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0001g0224 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0004g0220 a0002c0002t0001g0262 a0002c0002t0001g0286	23	462	0.0498	4	c.196 others(19): Show c.196-992_196-989dupCTTT	BATF3	ENSG00000123685.9	transcript	ENST00000243440.2	protein_coding	2/2			chr1	TogoVar
BATF3_chr1_212681417_212704840	212687996	A A	AAAGG AAAGG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00597.hp2 HG02135.hp2 HG02622.hp1 others(10): Show HG00597.hp2 HG02135.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG03471.hp2 HG03579.hp2 NA18522.hp1 NA18942.hp1 NA18947.hp1 NA18998.hp2 NA19043.hp1 NA19084.hp1 NA19090.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0058 others(5): Show a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0237	13	462	0.0281	4	c.196 others(21): Show c.196-1021_196-1018dupCCTT	BATF3	ENSG00000123685.9	transcript	ENST00000243440.2	protein_coding	2/2			chr1	TogoVar
BATF3_chr1_212681417_212704840	212689912	C C	CACAG CACAG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00639.hp1 HG00642.hp2 HG01167.hp1 others(9): Show HG00639.hp1 HG00642.hp2 HG01167.hp1 HG02630.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp2 HG03209.hp1 HG03486.hp2 HG03540.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0144 others(7): Show a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0238	12	462	0.0260	4	c.196 others(21): Show c.196-2937_196-2934dupCTGT	BATF3	ENSG00000123685.9	transcript	ENST00000243440.2	protein_coding	2/2			chr1	TogoVar
BATF3_chr1_212681417_212704840	212696423	G G	GGTGT GGTGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00733.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp2 others(37): Show HG00733.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01099.hp1 HG01109.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG02027.hp1 HG02055.hp1 HG02129.hp2 HG02258.hp1 HG02572.hp2 HG02809.hp2 HG03239.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03688.hp1 HG04199.hp1 NA18946.hp2 NA18952.hp2 NA18965.hp2 NA18973.hp1 NA18977.hp1 NA18984.hp1 NA18990.hp1 NA18993.hp1 NA19000.hp1 NA19076.hp2 NA19078.hp2 NA19086.hp1 NA19087.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0005c0007 a0001c0001 a0001c0003 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0001 a0005c0007t0001	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0021 others(18): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0105 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0002g0035 a0001c0001t0002g0077 a0001c0003t0001g0071 a0001c0003t0001g0240 a0001c0003t0001g0241 a0005c0007t0001g0234	40	462	0.0866	4	c.195 others(19): Show c.195+534_195+537dupACAC	BATF3	ENSG00000123685.9	transcript	ENST00000243440.2	protein_coding	2/2			chr1	TogoVar
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