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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ACBD6_chr1_180283230_180507577	180368014	A A	AATAC AATAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG01884.hp1 NA19030.hp2 HG01346.hp1 HG01884.hp1 NA19030.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0002g0282 a0001c0001t0002g0283 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0002g0282 a0001c0001t0002g0283	3	334	0.0090	4	c.663 others(23): Show c.663+29498_663+29501dupGTAT	ACBD6	ENSG00000230124.8	transcript	ENST00000367595.4	protein_coding	6/7			chr1	TogoVar
ACBD6_chr1_180283230_180507577	180368717	C C	CATAT CATAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01346.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp1 others(2): Show HG01346.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp1 NA18970.hp1 NA19055.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0132 others(2): Show a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0002g0282 a0001c0001t0002g0333	5	334	0.0150	4	c.663 others(23): Show c.663+28795_663+28798dupATAT	ACBD6	ENSG00000230124.8	transcript	ENST00000367595.4	protein_coding	6/7			chr1	TogoVar
ACBD6_chr1_180283230_180507577	180418047	G G	GTTGA GTTGA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(316): Show HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 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