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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADA2_chr22_17173790_17224435	17178458	A A	AAAAC AAAAC	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG03688.hp2 NA18967.hp1 NA18978.hp2 others(5): Show HG03688.hp2 NA18967.hp1 NA18978.hp2 NA18983.hp2 NA18994.hp1 NA19009.hp1 NA19072.hp1 NA19090.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004	a0001c0001t0005 a0001c0001t0016 a0001c0001t0025 others(3): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0016 a0001c0001t0025 a0001c0003t0005 a0001c0003t0016 a0001c0004t0005	a0001c0001t0005g0101 a0001c0001t0005g0114 a0001c0001t0016g0337 others(5): Show a0001c0001t0005g0101 a0001c0001t0005g0114 a0001c0001t0016g0337 a0001c0001t0016g0382 a0001c0001t0025g0169 a0001c0003t0005g0315 a0001c0003t0016g0325 a0001c0004t0005g0067	8	408	0.0196	4	c.30 others(15): Show c.3024_*3025insGTTT	ADA2	ENSG00000093072.19	transcript	ENST00000399837.8	protein_coding		331		chr22	TogoVar
ADA2_chr22_17173790_17224435	17183955	C C	CTTTT CTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02109.hp2 HG02258.hp1 HG02559.hp1 others(17): Show HG02109.hp2 HG02258.hp1 HG02559.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp1 HG02886.hp1 HG02896.hp1 HG03139.hp1 HG03486.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp1 NA19054.hp2 NA19064.hp1 NA19066.hp1 NA19072.hp1 NA19090.hp2 NA19240.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 others(7): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0008 a0001c0010 a0002c0002 a0002c0009 a0002c0012 a0002c0017	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0016 others(11): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0016 a0001c0003t0010 a0001c0004t0013 a0001c0005t0006 a0001c0005t0014 a0001c0008t0002 a0001c0010t0002 a0002c0002t0001 a0002c0002t0010 a0002c0009t0014 a0002c0012t0014 a0002c0017t0014	a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0004g0338 a0001c0001t0016g0382 others(17): Show a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0004g0338 a0001c0001t0016g0382 a0001c0003t0010g0088 a0001c0004t0013g0074 a0001c0005t0006g0374 a0001c0005t0006g0379 a0001c0005t0014g0309 a0001c0008t0002g0231 a0001c0010t0002g0236 a0002c0002t0001g0031 a0002c0002t0001g0252 a0002c0002t0010g0032 a0002c0002t0010g0066 a0002c0002t0010g0202 a0002c0002t0010g0207 a0002c0009t0014g0022 a0002c0012t0014g0015 a0002c0012t0014g0047 a0002c0017t0014g0086	20	408	0.0490	4	c.108 others(23): Show c.1082-1198_1082-1195dupAAAA	ADA2	ENSG00000093072.19	transcript	ENST00000399837.8	protein_coding	7/9			chr22	TogoVar
ADA2_chr22_17173790_17224435	17186847	T T	TGACA TGACA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(368): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 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