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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123277870	T T	TAATG TAATG	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01109.hp1 HG01884.hp2 HG02559.hp1 others(8): Show HG01109.hp1 HG01884.hp2 HG02559.hp1 HG02630.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp1 NA19030.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0022 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0022	a0001c0001t0008 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 others(4): Show a0001c0001t0008 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 a0001c0001t0020 a0001c0003t0007 a0001c0003t0018 a0001c0022t0015	a0001c0001t0008g0093 a0001c0001t0008g0094 a0001c0001t0015g0184 others(8): Show a0001c0001t0008g0093 a0001c0001t0008g0094 a0001c0001t0015g0184 a0001c0001t0017g0005 a0001c0001t0020g0082 a0001c0003t0007g0113 a0001c0003t0007g0172 a0001c0003t0007g0185 a0001c0003t0007g0201 a0001c0003t0018g0020 a0001c0022t0015g0200	11	260	0.0423	4	c.67 others(15): Show c.6737_*6738insCATT	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding		4425		chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123283625	G G	GAAAC GAAAC	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02559.hp2 NA19043.hp1 NA20300.hp2 HG02559.hp2 NA19043.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0011 a0001c0001t0011	a0001c0001t0011g0157 a0001c0001t0011g0187 a0001c0001t0011g0237 a0001c0001t0011g0157 a0001c0001t0011g0187 a0001c0001t0011g0237	3	260	0.0115	4	c.97 others(13): Show c.979_*982dupGTTT	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	21/21	982		chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123284016	G G	GTAAT GTAAT	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA18951.hp2 NA19000.hp2 NA19058.hp1 others(1): Show NA18951.hp2 NA19000.hp2 NA19058.hp1 NA19091.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0002t0012 others(1): Show a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0002t0012 a0001c0002t0013	a0001c0001t0012g0021 a0001c0001t0013g0125 a0001c0002t0012g0072 others(1): Show a0001c0001t0012g0021 a0001c0001t0013g0125 a0001c0002t0012g0072 a0001c0002t0013g0240	4	260	0.0154	4	c.58 others(13): Show c.588_*591dupATTA	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	21/21	591		chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123284252	C C	CCCCT CCCCT	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01884.hp2 HG03195.hp2 HG03225.hp2 HG01884.hp2 HG03195.hp2 HG03225.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0022 a0001c0001 a0001c0022	a0001c0001t0015 a0001c0001t0020 a0001c0022t0015 a0001c0001t0015 a0001c0001t0020 a0001c0022t0015	a0001c0001t0015g0184 a0001c0001t0020g0082 a0001c0022t0015g0200 a0001c0001t0015g0184 a0001c0001t0020g0082 a0001c0022t0015g0200	3	260	0.0115	4	c.35 others(13): Show c.352_*355dupAGGG	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	21/21	355		chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123310103	T T	TACAC TACAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00609.hp2 HG01081.hp2 others(27): Show HG00438.hp1 HG00609.hp2 HG01081.hp2 HG01109.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01361.hp1 HG01515.hp2 HG02004.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02486.hp2 HG02698.hp1 HG02896.hp2 HG02976.hp1 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03471.hp1 HG03490.hp2 HG04115.hp2 NA18522.hp1 NA18946.hp2 NA18952.hp2 NA18968.hp1 NA19005.hp2 NA19087.hp2 NA20300.hp2 NA20752.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008 a0001c0019 a0003c0013	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011 a0001c0002t0001 a0001c0008t0005 a0001c0019t0005 a0003c0013t0001	a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0131 others(27): Show a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0002g0033 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0002g0052 a0001c0001t0002g0061 a0001c0001t0003g0236 a0001c0001t0004g0029 a0001c0001t0004g0080 a0001c0001t0011g0187 a0001c0002t0001g0122 a0001c0002t0001g0135 a0001c0002t0001g0147 a0001c0008t0005g0087 a0001c0019t0005g0100 a0003c0013t0001g0254 a0003c0013t0001g0255	30	260	0.1154	4	c.244 others(23): Show c.2442+4128_2442+4131dupGTGT	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	12/20			chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123345757	G G	GACAC GACAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp2 HG00673.hp2 HG01993.hp1 others(5): Show HG00423.hp2 HG00673.hp2 HG01993.hp1 HG02015.hp2 NA18947.hp2 NA18971.hp2 NA18995.hp2 NA19091.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0020 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0020	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0020t0002	a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0195 others(5): Show a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0002g0027 a0001c0001t0002g0040 a0001c0002t0001g0150 a0001c0020t0002g0064	8	260	0.0308	4	c.140 others(23): Show c.1406+2024_1406+2025insGTGT	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	3/20			chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123346607	T T	TTCTC TTCTC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp2 others(15): Show HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp2 HG01069.hp2 HG01993.hp1 HG02129.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp1 HG03453.hp1 HG03927.hp1 NA18747.hp1 NA18939.hp2 NA18983.hp1 NA19003.hp2 NA19058.hp2 NA19063.hp1 NA19080.hp1 NA19087.hp1	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0004c0012	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 a0001c0001t0027 a0001c0002t0001 a0001c0003t0007 a0001c0003t0018 a0004c0012t0001	a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0154 others(15): Show a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0224 a0001c0001t0002g0013 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0065 a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0009g0014 a0001c0001t0027g0096 a0001c0002t0001g0135 a0001c0003t0007g0185 a0001c0003t0018g0020 a0004c0012t0001g0253	18	260	0.0692	4	c.140 others(23): Show c.1406+1171_1406+1174dupGAGA	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	3/20			chr3	TogoVar
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