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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADGRL2_chr1_81795934_81998932	81824948	C C	CCTCT CCTCT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp2 others(68): Show HG00544.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp2 HG00733.hp2 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01175.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01433.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp2 HG02074.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02148.hp1 HG02165.hp2 HG02258.hp1 HG02273.hp1 HG02280.hp1 HG02300.hp1 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02698.hp1 HG02735.hp1 HG02896.hp1 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03490.hp2 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03927.hp1 HG03942.hp2 HG04199.hp2 NA18522.hp1 NA18612.hp1 NA18939.hp1 NA18944.hp1 NA18948.hp2 NA18962.hp2 NA18963.hp1 NA18968.hp1 NA18974.hp1 NA18975.hp2 NA18979.hp2 NA18982.hp1 NA18985.hp1 NA18985.hp2 NA18988.hp1 NA18989.hp1 NA18990.hp2 NA19056.hp2 NA19058.hp2 NA19070.hp2 NA19079.hp2 NA19080.hp2 NA19086.hp2 NA19088.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0004 others(2): Show a0001 a0002 a0004 a0009 a0010	a0001c0001 a0001c0007 a0001c0008 others(6): Show a0001c0001 a0001c0007 a0001c0008 a0001c0018 a0001c0019 a0002c0002 a0004c0006 a0009c0014 a0010c0015	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(39): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0022 a0001c0001t0024 a0001c0001t0025 a0001c0001t0040 a0001c0001t0044 a0001c0001t0045 a0001c0001t0048 a0001c0001t0052 a0001c0001t0053 a0001c0001t0054 a0001c0001t0055 a0001c0001t0056 a0001c0001t0092 a0001c0001t0110 a0001c0001t0118 a0001c0001t0122 a0001c0001t0129 a0001c0001t0131 a0001c0001t0138 a0001c0001t0145 a0001c0001t0146 a0001c0001t0149 a0001c0001t0150 a0001c0001t0151 a0001c0007t0098 a0001c0008t0001 a0001c0018t0052 a0001c0019t0099 a0002c0002t0046 a0004c0006t0011 a0004c0006t0026 a0009c0014t0001 a0010c0015t0136	a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0260 a0001c0001t0001g0263 others(65): Show a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0260 a0001c0001t0001g0263 a0001c0001t0001g0266 a0001c0001t0001g0268 a0001c0001t0001g0270 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0295 a0001c0001t0001g0298 a0001c0001t0002g0238 a0001c0001t0002g0243 a0001c0001t0002g0252 a0001c0001t0002g0273 a0001c0001t0002g0279 a0001c0001t0002g0282 a0001c0001t0002g0285 a0001c0001t0002g0294 a0001c0001t0003g0236 a0001c0001t0003g0248 a0001c0001t0003g0261 a0001c0001t0003g0290 a0001c0001t0004g0002 a0001c0001t0005g0300 a0001c0001t0008g0244 a0001c0001t0011g0299 a0001c0001t0014g0271 a0001c0001t0014g0272 a0001c0001t0014g0281 a0001c0001t0015g0003 a0001c0001t0015g0278 a0001c0001t0022g0004 a0001c0001t0022g0302 a0001c0001t0024g0255 a0001c0001t0025g0276 a0001c0001t0025g0291 a0001c0001t0025g0293 a0001c0001t0040g0167 a0001c0001t0040g0168 a0001c0001t0044g0292 a0001c0001t0045g0037 a0001c0001t0048g0296 a0001c0001t0052g0068 a0001c0001t0053g0239 a0001c0001t0053g0277 a0001c0001t0054g0250 a0001c0001t0055g0098 a0001c0001t0056g0097 a0001c0001t0092g0151 a0001c0001t0110g0175 a0001c0001t0118g0161 a0001c0001t0122g0264 a0001c0001t0129g0240 a0001c0001t0131g0237 a0001c0001t0138g0007 a0001c0001t0145g0132 a0001c0001t0146g0274 a0001c0001t0149g0254 a0001c0001t0150g0247 a0001c0001t0151g0165 a0001c0007t0098g0283 a0001c0008t0001g0280 a0001c0018t0052g0133 a0001c0019t0099g0262 a0002c0002t0046g0256 a0004c0006t0011g0267 a0004c0006t0026g0265 a0009c0014t0001g0269 a0010c0015t0136g0284	71	306	0.2320	4	c.-10 others(25): Show c.-100-11906_-100-11903dupCTCT	ADGRL2	ENSG00000117114.21	transcript	ENST00000686636.1	protein_coding	1/23		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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ADGRL2_chr1_81795934_81998932	81826437	C C	CTGTT CTGTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00544.hp2 others(172): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00544.hp2 HG00609.hp1 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01358.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01928.hp2 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02071.hp1 HG02074.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02683.hp1 HG02683.hp2 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