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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGMO_chr7_15195317_15567015	15389306	G G	GTCTA GTCTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 others(121): Show HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00423.hp1 HG00597.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01109.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01261.hp1 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02080.hp2 HG02129.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02683.hp1 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02723.hp1 HG02735.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02970.hp2 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