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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGPAT4_chr6_161124967_161279061	161135110	C C	CAAAT CAAAT	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01934.hp1 HG02717.hp1 HG02818.hp2 others(3): Show HG01934.hp1 HG02717.hp1 HG02818.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp1 HG03486.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0018 a0001c0001t0041 a0001c0001t0042 a0001c0001t0018 a0001c0001t0041 a0001c0001t0042	a0001c0001t0018g0135 a0001c0001t0018g0193 a0001c0001t0018g0194 others(3): Show a0001c0001t0018g0135 a0001c0001t0018g0193 a0001c0001t0018g0194 a0001c0001t0018g0198 a0001c0001t0041g0136 a0001c0001t0042g0161	6	264	0.0227	4	c.14 others(15): Show c.1426_*1429dupATTT	AGPAT4	ENSG00000026652.15	transcript	ENST00000320285.9	protein_coding	9/9	1429		chr6	TogoVar
AGPAT4_chr6_161124967_161279061	161185313	C C	CAGGG CAGGG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02055.hp2 HG02258.hp1 HG02647.hp1 others(3): Show HG02055.hp2 HG02258.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp2 HG02922.hp2 HG03453.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0005	a0001c0001t0025 a0001c0001t0045 a0001c0001t0057 others(2): Show a0001c0001t0025 a0001c0001t0045 a0001c0001t0057 a0001c0001t0058 a0001c0005t0056	a0001c0001t0025g0016 a0001c0001t0025g0249 a0001c0001t0045g0258 others(3): Show a0001c0001t0025g0016 a0001c0001t0025g0249 a0001c0001t0045g0258 a0001c0001t0057g0171 a0001c0001t0058g0032 a0001c0005t0056g0011	6	264	0.0227	4	c.179 others(23): Show c.179-18900_179-18897dupCCCT	AGPAT4	ENSG00000026652.15	transcript	ENST00000320285.9	protein_coding	2/8			chr6	TogoVar
AGPAT4_chr6_161124967_161279061	161187504	C C	CATTT CATTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00621.hp2 HG01168.hp2 others(31): Show HG00408.hp2 HG00621.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01255.hp2 HG01516.hp1 HG02040.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02145.hp1 HG02523.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02723.hp1 HG02895.hp2 HG02970.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03471.hp1 HG03831.hp1 HG03942.hp2 NA18522.hp1 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18957.hp1 NA18957.hp2 NA18974.hp1 NA19030.hp1 NA19063.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(20): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0018 a0001c0001t0021 a0001c0001t0034 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0043 a0001c0001t0047 a0001c0001t0059 a0001c0001t0061 a0001c0002t0031 a0001c0002t0039 a0001c0002t0072 a0001c0002t0074	a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0002g0103 others(31): Show a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0002g0103 a0001c0001t0002g0224 a0001c0001t0003g0155 a0001c0001t0003g0185 a0001c0001t0005g0069 a0001c0001t0005g0079 a0001c0001t0005g0117 a0001c0001t0005g0179 a0001c0001t0006g0038 a0001c0001t0007g0118 a0001c0001t0007g0182 a0001c0001t0008g0087 a0001c0001t0008g0210 a0001c0001t0013g0080 a0001c0001t0013g0081 a0001c0001t0014g0138 a0001c0001t0014g0139 a0001c0001t0014g0217 a0001c0001t0015g0211 a0001c0001t0018g0135 a0001c0001t0021g0025 a0001c0001t0034g0218 a0001c0001t0037g0213 a0001c0001t0038g0209 a0001c0001t0043g0031 a0001c0001t0047g0197 a0001c0001t0059g0156 a0001c0001t0061g0175 a0001c0002t0031g0204 a0001c0002t0039g0119 a0001c0002t0072g0162 a0001c0002t0074g0073	34	264	0.1288	4	c.179 others(23): Show c.179-21091_179-21088dupAAAT	AGPAT4	ENSG00000026652.15	transcript	ENST00000320285.9	protein_coding	2/8			chr6	TogoVar
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