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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AK3_chr9_4704556_4746202	4728850	T T	TACAC TACAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02109.hp2 HG02280.hp2 others(7): Show HG01243.hp1 HG02109.hp2 HG02280.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG03453.hp2 HG03516.hp1 NA18906.hp2 NA18979.hp2 NA19081.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 others(3): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0012 a0001c0001t0018 a0001c0001t0040	a0001c0001t0003g0389 a0001c0001t0004g0123 a0001c0001t0004g0300 others(7): Show a0001c0001t0003g0389 a0001c0001t0004g0123 a0001c0001t0004g0300 a0001c0001t0004g0418 a0001c0001t0004g0427 a0001c0001t0005g0184 a0001c0001t0005g0233 a0001c0001t0012g0388 a0001c0001t0018g0196 a0001c0001t0040g0417	10	462	0.0217	4	c.152 others(21): Show c.152-6226_152-6225insGTGT	AK3	ENSG00000147853.17	transcript	ENST00000381809.8	protein_coding	1/4			chr9	TogoVar
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AK3_chr9_4704556_4746202	4728864	T T	TACAC TACAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG02056.hp2 HG02630.hp2 others(15): Show HG00408.hp1 HG02056.hp2 HG02630.hp2 HG03098.hp2 HG03225.hp1 NA18946.hp2 NA18950.hp2 NA18951.hp2 NA18952.hp1 NA18965.hp2 NA18966.hp2 NA19060.hp1 NA19076.hp1 NA19079.hp2 NA19080.hp1 NA19090.hp2 NA19240.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 others(4): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0022 a0001c0001t0042 a0001c0001t0065 a0001c0001t0069	a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0004g0105 others(12): Show a0001c0001t0002g0002 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0004g0105 a0001c0001t0004g0221 a0001c0001t0007g0009 a0001c0001t0007g0155 a0001c0001t0007g0156 a0001c0001t0007g0157 a0001c0001t0007g0158 a0001c0001t0007g0171 a0001c0001t0007g0386 a0001c0001t0022g0220 a0001c0001t0042g0219 a0001c0001t0065g0106 a0001c0001t0069g0172	18	462	0.0390	4	c.152 others(21): Show c.152-6240_152-6239insGTGT	AK3	ENSG00000147853.17	transcript	ENST00000381809.8	protein_coding	1/4			chr9	TogoVar
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AK3_chr9_4704556_4746202	4735254	T T	TACAC TACAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01981.hp2 HG02257.hp2 HG02451.hp1 others(6): Show HG01981.hp2 HG02257.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02647.hp1 HG03139.hp1 HG06807.hp2 NA19240.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0003 a0001c0001 a0002c0003	a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0027 others(6): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0027 a0001c0001t0032 a0001c0001t0057 a0001c0001t0060 a0001c0001t0068 a0001c0001t0075 a0002c0003t0053	a0001c0001t0003g0121 a0001c0001t0006g0094 a0001c0001t0027g0100 others(6): Show a0001c0001t0003g0121 a0001c0001t0006g0094 a0001c0001t0027g0100 a0001c0001t0032g0092 a0001c0001t0057g0091 a0001c0001t0060g0084 a0001c0001t0068g0022 a0001c0001t0075g0442 a0002c0003t0053g0095	9	462	0.0195	4	c.151 others(21): Show c.151+5682_151+5683insGTGT	AK3	ENSG00000147853.17	transcript	ENST00000381809.8	protein_coding	1/4			chr9	TogoVar
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