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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ALDH9A1_chr1_165657216_165703562	165672972	A A	AACAC AACAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00639.hp1 HG01070.hp1 others(24): Show HG00140.hp2 HG00639.hp1 HG01070.hp1 HG01106.hp2 HG01346.hp1 HG01496.hp1 HG01884.hp1 HG01928.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp1 HG02145.hp2 HG02300.hp1 HG02683.hp2 HG02818.hp1 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG03130.hp1 HG03209.hp2 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03834.hp1 NA18979.hp2 NA19043.hp1 NA19075.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(6): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0006 a0001c0013 a0002c0008 a0003c0007 a0003c0015 a0004c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0004t0003 a0001c0006t0003 a0001c0013t0001 a0002c0008t0004 a0003c0007t0001 a0003c0015t0001 a0004c0009t0001	a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0088 others(20): Show a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0263 a0001c0001t0002g0094 a0001c0002t0001g0012 a0001c0002t0001g0032 a0001c0002t0001g0161 a0001c0002t0001g0169 a0001c0002t0001g0175 a0001c0002t0001g0177 a0001c0002t0001g0191 a0001c0004t0003g0166 a0001c0006t0003g0137 a0001c0013t0001g0197 a0002c0008t0004g0011 a0002c0008t0004g0160 a0002c0008t0004g0260 a0003c0007t0001g0013 a0003c0007t0001g0056 a0003c0015t0001g0058 a0004c0009t0001g0139	27	332	0.0813	4	c.931 others(21): Show c.931-3526_931-3523dupGTGT	ALDH9A1	ENSG00000143149.13	transcript	ENST00000354775.5	protein_coding	6/10			chr1	TogoVar
ALG10B_chr12_38311774_38334721	38329291	A A	AAAAC AAAAC	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(349): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp2 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