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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AMN1_chr12_31666142_31734021	31695471	A A	ATTTC ATTTC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00408.hp2 others(88): Show HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00673.hp2 HG01081.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG01255.hp2 HG01261.hp1 HG01358.hp1 HG01433.hp2 HG01515.hp1 HG01517.hp2 HG01934.hp1 HG01975.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02055.hp1 HG02071.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp2 HG02258.hp1 HG02293.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02572.hp1 HG02622.hp1 HG02683.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02738.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02896.hp1 HG02970.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp2 HG03130.hp1 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03654.hp1 HG03688.hp1 HG04115.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 HG04228.hp1 NA18522.hp2 NA18747.hp2 NA18906.hp2 NA18939.hp1 NA18940.hp2 NA18946.hp1 NA18959.hp2 NA18964.hp2 NA18966.hp1 NA18971.hp2 NA18972.hp2 NA18973.hp1 NA18974.hp1 NA18981.hp2 NA18985.hp2 NA18992.hp2 NA19003.hp1 NA19005.hp1 NA19011.hp1 NA19043.hp1 NA19057.hp2 NA19058.hp2 NA19068.hp1 NA19091.hp2 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20752.hp1 NA21309.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0010 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0004t0002	a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 others(82): Show a0001c0001t0001g0112 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0302 a0001c0001t0001g0310 a0001c0001t0001g0326 a0001c0001t0001g0376 a0001c0001t0002g0012 a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0016 a0001c0001t0002g0017 a0001c0001t0002g0018 a0001c0001t0002g0019 a0001c0001t0002g0028 a0001c0001t0002g0029 a0001c0001t0002g0030 a0001c0001t0002g0113 a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0125 a0001c0001t0002g0131 a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0002g0146 a0001c0001t0002g0148 a0001c0001t0002g0149 a0001c0001t0002g0150 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0152 a0001c0001t0002g0154 a0001c0001t0002g0155 a0001c0001t0002g0156 a0001c0001t0002g0157 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0002g0159 a0001c0001t0002g0160 a0001c0001t0002g0161 a0001c0001t0002g0162 a0001c0001t0002g0163 a0001c0001t0002g0164 a0001c0001t0002g0165 a0001c0001t0002g0166 a0001c0001t0002g0167 a0001c0001t0002g0168 a0001c0001t0002g0169 a0001c0001t0002g0170 a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0002g0175 a0001c0001t0002g0177 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0002g0181 a0001c0001t0002g0182 a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0002g0184 a0001c0001t0002g0185 a0001c0001t0002g0186 a0001c0001t0002g0187 a0001c0001t0002g0188 a0001c0001t0002g0189 a0001c0001t0002g0192 a0001c0001t0002g0193 a0001c0001t0002g0194 a0001c0001t0002g0195 a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0002g0198 a0001c0001t0002g0199 a0001c0001t0002g0200 a0001c0001t0002g0201 a0001c0001t0002g0202 a0001c0001t0002g0207 a0001c0001t0002g0246 a0001c0001t0002g0248 a0001c0001t0002g0385 a0001c0001t0002g0386 a0001c0001t0002g0387 a0001c0001t0010g0211 a0001c0001t0011g0388 a0001c0004t0002g0389	91	432	0.2107	4	c.591 others(21): Show c.591+1886_591+1889dupGAAA	AMN1	ENSG00000151743.11	transcript	ENST00000281471.11	protein_coding	5/6			chr12	TogoVar
AMN1_chr12_31666142_31734021	31696280	G G	GTATT GTATT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG01433.hp2 HG02738.hp2 HG00140.hp2 HG01433.hp2 HG02738.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0166 a0001c0001t0002g0167 a0001c0001t0002g0170 a0001c0001t0002g0166 a0001c0001t0002g0167 a0001c0001t0002g0170	3	432	0.0069	4	c.591 others(21): Show c.591+1077_591+1080dupAATA	AMN1	ENSG00000151743.11	transcript	ENST00000281471.11	protein_coding	5/6			chr12	TogoVar
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