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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACOX1_chr17_75936507_75984166	75971741	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 others(106): Show HG00280.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00609.hp1 HG00639.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp1 HG01106.hp2 HG01123.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01515.hp1 HG01517.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01952.hp2 HG01981.hp2 HG02015.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02257.hp1 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02486.hp1 HG02523.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02895.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03486.hp2 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03654.hp2 HG03710.hp1 HG03831.hp2 HG04115.hp2 HG04204.hp2 HG04228.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18906.hp2 NA18939.hp1 NA18941.hp2 NA18947.hp2 NA18949.hp2 NA18952.hp1 NA18953.hp1 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18959.hp2 NA18964.hp2 NA18966.hp1 NA18968.hp2 NA18974.hp1 NA18981.hp2 NA18982.hp1 NA18985.hp1 NA18986.hp1 NA18987.hp1 NA18991.hp1 NA18992.hp2 NA18994.hp2 NA19002.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19043.hp1 NA19057.hp1 NA19057.hp2 NA19058.hp2 NA19077.hp2 NA19080.hp2 NA19084.hp1 NA19084.hp2 NA19085.hp1 NA19086.hp2 NA19088.hp2 NA19090.hp2 NA19240.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0009	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 others(5): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0010 a0001c0018 a0002c0002 a0003c0005 a0009c0009	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(37): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0022 a0001c0001t0026 a0001c0001t0030 a0001c0001t0034 a0001c0001t0042 a0001c0001t0050 a0001c0001t0051 a0001c0001t0052 a0001c0001t0056 a0001c0001t0057 a0001c0001t0058 a0001c0001t0059 a0001c0001t0060 a0001c0001t0061 a0001c0001t0076 a0001c0003t0012 a0001c0003t0044 a0001c0004t0008 a0001c0004t0053 a0001c0010t0007 a0001c0018t0039 a0002c0002t0001 a0002c0002t0006 a0002c0002t0023 a0002c0002t0028 a0002c0002t0069 a0002c0002t0077 a0003c0005t0017 a0003c0005t0025 a0003c0005t0054 a0003c0005t0055 a0009c0009t0002	a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0052 others(106): Show a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0052 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0002g0054 a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0059 a0001c0001t0002g0061 a0001c0001t0002g0064 a0001c0001t0002g0065 a0001c0001t0002g0066 a0001c0001t0002g0067 a0001c0001t0002g0072 a0001c0001t0002g0074 a0001c0001t0002g0079 a0001c0001t0002g0080 a0001c0001t0002g0085 a0001c0001t0002g0092 a0001c0001t0002g0093 a0001c0001t0002g0095 a0001c0001t0002g0098 a0001c0001t0002g0099 a0001c0001t0002g0111 a0001c0001t0002g0112 a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0002g0115 a0001c0001t0002g0139 a0001c0001t0002g0314 a0001c0001t0003g0058 a0001c0001t0003g0060 a0001c0001t0003g0077 a0001c0001t0003g0078 a0001c0001t0003g0081 a0001c0001t0003g0083 a0001c0001t0003g0087 a0001c0001t0003g0088 a0001c0001t0003g0089 a0001c0001t0003g0090 a0001c0001t0003g0091 a0001c0001t0003g0096 a0001c0001t0003g0097 a0001c0001t0003g0100 a0001c0001t0003g0104 a0001c0001t0003g0138 a0001c0001t0003g0155 a0001c0001t0004g0294 a0001c0001t0005g0149 a0001c0001t0005g0152 a0001c0001t0005g0156 a0001c0001t0005g0310 a0001c0001t0005g0312 a0001c0001t0007g0082 a0001c0001t0011g0014 a0001c0001t0011g0128 a0001c0001t0018g0084 a0001c0001t0018g0117 a0001c0001t0018g0118 a0001c0001t0019g0107 a0001c0001t0019g0113 a0001c0001t0022g0126 a0001c0001t0022g0153 a0001c0001t0026g0101 a0001c0001t0026g0106 a0001c0001t0030g0341 a0001c0001t0030g0342 a0001c0001t0034g0094 a0001c0001t0042g0062 a0001c0001t0050g0005 a0001c0001t0051g0003 a0001c0001t0052g0006 a0001c0001t0056g0075 a0001c0001t0057g0056 a0001c0001t0058g0119 a0001c0001t0059g0073 a0001c0001t0060g0076 a0001c0001t0061g0069 a0001c0001t0076g0343 a0001c0003t0012g0007 a0001c0003t0012g0008 a0001c0003t0012g0009 a0001c0003t0044g0137 a0001c0004t0008g0116 a0001c0004t0008g0127 a0001c0004t0008g0129 a0001c0004t0008g0130 a0001c0004t0008g0132 a0001c0004t0008g0133 a0001c0004t0053g0131 a0001c0010t0007g0004 a0001c0018t0039g0308 a0002c0002t0001g0150 a0002c0002t0001g0154 a0002c0002t0001g0163 a0002c0002t0001g0244 a0002c0002t0001g0311 a0002c0002t0006g0110 a0002c0002t0006g0123 a0002c0002t0023g0167 a0002c0002t0028g0151 a0002c0002t0069g0086 a0002c0002t0077g0340 a0003c0005t0017g0041 a0003c0005t0017g0042 a0003c0005t0025g0124 a0003c0005t0025g0135 a0003c0005t0054g0315 a0003c0005t0055g0157 a0009c0009t0002g0002	109	344	0.3169	1	c.269 others(9): Show c.269+6792dupT	ACOX1	ENSG00000161533.12	transcript	ENST00000293217.10	protein_coding	2/13			chr17	TogoVar
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