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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACSL3_chr2_222856036_222949639	222883167	G G	GT GT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG01109.hp1 others(35): Show HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG01109.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp2 HG01978.hp1 HG02109.hp1 HG02257.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02559.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02698.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp1 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG03688.hp2 HG04199.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0003c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(9): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0013 a0001c0001t0019 a0001c0002t0005 a0002c0003t0020 a0003c0004t0003	a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0003g0011 a0001c0001t0003g0099 others(35): Show a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0003g0011 a0001c0001t0003g0099 a0001c0001t0003g0102 a0001c0001t0003g0103 a0001c0001t0003g0105 a0001c0001t0003g0107 a0001c0001t0003g0111 a0001c0001t0003g0112 a0001c0001t0003g0115 a0001c0001t0003g0116 a0001c0001t0004g0106 a0001c0001t0005g0114 a0001c0001t0006g0130 a0001c0001t0006g0133 a0001c0001t0006g0134 a0001c0001t0006g0135 a0001c0001t0006g0136 a0001c0001t0007g0108 a0001c0001t0007g0109 a0001c0001t0007g0110 a0001c0001t0007g0243 a0001c0001t0009g0117 a0001c0001t0009g0118 a0001c0001t0009g0120 a0001c0001t0013g0104 a0001c0001t0013g0113 a0001c0001t0019g0131 a0001c0002t0005g0121 a0001c0002t0005g0122 a0001c0002t0005g0123 a0001c0002t0005g0124 a0001c0002t0005g0125 a0001c0002t0005g0126 a0001c0002t0005g0127 a0001c0002t0005g0128 a0002c0003t0020g0012 a0003c0004t0003g0010	38	252	0.1508	1	c.-20 others(10): Show c.-206-4649dupT	ACSL3	ENSG00000123983.15	transcript	ENST00000357430.8	protein_coding	1/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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ACSL3_chr2_222856036_222949639	222896151	C C	CG CG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG01109.hp1 HG01346.hp2 others(6): Show HG00280.hp2 HG01109.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp2 HG02717.hp1 HG03041.hp2 HG03453.hp2 HG04199.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0003 a0001c0001 a0002c0003	a0001c0001t0006 a0001c0001t0014 a0001c0001t0019 others(1): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0014 a0001c0001t0019 a0002c0003t0020	a0001c0001t0006g0130 a0001c0001t0006g0133 a0001c0001t0006g0134 others(6): Show a0001c0001t0006g0130 a0001c0001t0006g0133 a0001c0001t0006g0134 a0001c0001t0006g0135 a0001c0001t0006g0136 a0001c0001t0014g0013 a0001c0001t0014g0014 a0001c0001t0019g0131 a0002c0003t0020g0012	9	252	0.0357	1	c.-14 others(10): Show c.-147-4520dupG	ACSL3	ENSG00000123983.15	transcript	ENST00000357430.8	protein_coding	2/16		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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