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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACTR2_chr2_65222831_65276253	65270901	G G	GA GA	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG03098.hp1 others(3): Show HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG03098.hp1 HG03540.hp1 NA19030.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0010 a0001c0001t0019 a0001c0001t0010 a0001c0001t0019	a0001c0001t0010g0036 a0001c0001t0010g0229 a0001c0001t0010g0230 others(2): Show a0001c0001t0010g0036 a0001c0001t0010g0229 a0001c0001t0010g0230 a0001c0001t0010g0231 a0001c0001t0019g0266	6	326	0.0184	1	c.21 others(6): Show c.2179dupA	ACTR2	ENSG00000138071.15	transcript	ENST00000260641.10	protein_coding	9/9	2180	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
ACTR2_chr2_65222831_65276253	65274235	C C	CT CT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(248): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp2 HG02109.hp2 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