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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACVR1B_chr12_51946699_52002078	51977783	A A	AT AT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00621.hp2 others(55): Show HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00621.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01346.hp2 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01978.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp2 HG02293.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02886.hp2 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03130.hp1 HG03225.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03540.hp1 HG03579.hp2 HG04115.hp2 NA18906.hp2 NA18953.hp2 NA18956.hp2 NA18970.hp1 NA18972.hp1 NA18975.hp2 NA18986.hp2 NA18987.hp2 NA18992.hp2 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19010.hp2 NA19054.hp2 NA19062.hp1 NA19062.hp2 NA19077.hp2 NA19081.hp2 NA19090.hp2 NA20300.hp2 NA20752.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(11): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0015 a0001c0001t0018 a0001c0001t0027 a0001c0001t0030 a0001c0001t0031 a0001c0003t0002 a0001c0007t0002	a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0121 others(49): Show a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0189 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0002g0011 a0001c0001t0002g0037 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0002g0070 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0002g0072 a0001c0001t0002g0081 a0001c0001t0002g0099 a0001c0001t0002g0101 a0001c0001t0002g0142 a0001c0001t0003g0005 a0001c0001t0003g0014 a0001c0001t0003g0136 a0001c0001t0003g0138 a0001c0001t0003g0143 a0001c0001t0003g0144 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0003g0148 a0001c0001t0003g0149 a0001c0001t0004g0283 a0001c0001t0004g0286 a0001c0001t0009g0161 a0001c0001t0011g0140 a0001c0001t0011g0146 a0001c0001t0011g0147 a0001c0001t0012g0150 a0001c0001t0012g0153 a0001c0001t0012g0162 a0001c0001t0015g0111 a0001c0001t0015g0112 a0001c0001t0015g0288 a0001c0001t0018g0113 a0001c0001t0018g0114 a0001c0001t0027g0269 a0001c0001t0030g0135 a0001c0001t0031g0044 a0001c0003t0002g0012 a0001c0003t0002g0110 a0001c0007t0002g0079	58	324	0.1790	1	c.580 others(9): Show c.580+1231dupT	ACVR1B	ENSG00000135503.13	transcript	ENST00000257963.9	protein_coding	3/8		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
ACVR1B_chr12_51946699_52002078	51978699	C C	CG CG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 others(314): Show HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 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