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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAL_chr15_43325672_43359569	43350232	A A	AT AT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG02809.hp2 NA18953.hp2 others(9): Show HG00408.hp2 HG02809.hp2 NA18953.hp2 NA18978.hp1 NA18985.hp1 NA18991.hp2 NA18992.hp2 NA18997.hp2 NA19058.hp2 NA19079.hp1 NA19081.hp2 NA19086.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 others(5): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0034 a0001c0002t0001 a0001c0002t0003	a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0005g0154 a0001c0001t0006g0020 others(8): Show a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0005g0154 a0001c0001t0006g0020 a0001c0001t0009g0189 a0001c0001t0011g0020 a0001c0001t0011g0176 a0001c0001t0011g0177 a0001c0001t0011g0193 a0001c0001t0034g0020 a0001c0002t0001g0204 a0001c0002t0003g0118	12	386	0.0311	1	c.773 others(8): Show c.773-692dupT	ADAL	ENSG00000168803.16	transcript	ENST00000562188.7	protein_coding	11/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
ADAL_chr15_43325672_43359569	43351333	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00733.hp2 others(30): Show HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00733.hp2 HG00741.hp1 HG01071.hp2 HG01109.hp1 HG01358.hp1 HG01496.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01891.hp2 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02280.hp2 HG02293.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02735.hp2 HG02922.hp2 HG03139.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03654.hp1 HG03669.hp1 HG03688.hp2 HG03704.hp1 HG04199.hp2 HG04228.hp1 NA18522.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0001 a0001c0006 a0002c0004 others(1): Show a0001c0001 a0001c0006 a0002c0004 a0003c0005	a0001c0001t0004 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 others(4): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0015 a0001c0001t0017 a0001c0001t0022 a0001c0006t0004 a0002c0004t0004 a0003c0005t0004	a0001c0001t0004g0022 a0001c0001t0004g0023 a0001c0001t0004g0025 others(26): Show a0001c0001t0004g0022 a0001c0001t0004g0023 a0001c0001t0004g0025 a0001c0001t0004g0028 a0001c0001t0004g0050 a0001c0001t0004g0058 a0001c0001t0004g0059 a0001c0001t0004g0076 a0001c0001t0004g0077 a0001c0001t0004g0082 a0001c0001t0004g0087 a0001c0001t0004g0096 a0001c0001t0004g0097 a0001c0001t0004g0098 a0001c0001t0004g0108 a0001c0001t0004g0123 a0001c0001t0004g0131 a0001c0001t0004g0133 a0001c0001t0004g0137 a0001c0001t0015g0022 a0001c0001t0017g0023 a0001c0001t0022g0138 a0001c0006t0004g0112 a0001c0006t0004g0124 a0002c0004t0004g0034 a0002c0004t0004g0067 a0002c0004t0004g0113 a0003c0005t0004g0022 a0003c0005t0004g0028	33	386	0.0855	1	c.873 others(8): Show c.873+303dupA	ADAL	ENSG00000168803.16	transcript	ENST00000562188.7	protein_coding	12/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr15	TogoVar
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