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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAM29_chr4_174913358_174983180	174967591	G G	GA GA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG04184.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG04184.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0003g0069 a0001c0001t0003g0071 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0003g0069 a0001c0001t0003g0071	3	330	0.0091	1	c.-18 others(10): Show c.-180-7752dupA	ADAM29	ENSG00000168594.15	transcript	ENST00000359240.7	protein_coding	4/4		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
ADAM29_chr4_174913358_174983180	174968771	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG01099.hp2 HG02257.hp2 others(1): Show HG00323.hp1 HG01099.hp2 HG02257.hp2 HG02738.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0003g0047 others(1): Show a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0003g0047 a0001c0001t0003g0066	4	330	0.0121	1	c.-18 others(20): Show c.-180-6575_-180-6574insA	ADAM29	ENSG00000168594.15	transcript	ENST00000359240.7	protein_coding	4/4			chr4	TogoVar
ADAM29_chr4_174913358_174983180	174978995	G G	GT GT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00558.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 others(15): Show HG00558.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG02083.hp2 HG02818.hp1 HG03041.hp1 HG03516.hp2 HG03942.hp2 NA18947.hp2 NA18972.hp1 NA18983.hp1 NA18999.hp1 NA19062.hp1 NA19065.hp1 NA19081.hp2 NA19083.hp1 NA19086.hp2 NA20905.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0016 a0002c0002 a0001c0001 a0001c0016 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 a0001c0016t0002 a0002c0002t0001	a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0110 others(14): Show a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0002g0233 a0001c0001t0006g0073 a0001c0016t0002g0037 a0002c0002t0001g0017 a0002c0002t0001g0125 a0002c0002t0001g0200	18	330	0.0546	1	c.10 others(12): Show c.1007_*1008insT	ADAM29	ENSG00000168594.15	transcript	ENST00000359240.7	protein_coding		816		chr4	TogoVar
ADAM29_chr4_174913358_174983180	174979309	A A	AG AG	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG01952.hp1 HG02135.hp2 others(5): Show HG00741.hp2 HG01952.hp1 HG02135.hp2 HG03130.hp2 HG03239.hp2 HG03669.hp2 NA19068.hp1 NA20905.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005	a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0202 others(5): Show a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0004g0011 a0001c0001t0005g0180	8	330	0.0242	1	c.13 others(12): Show c.1321_*1322insG	ADAM29	ENSG00000168594.15	transcript	ENST00000359240.7	protein_coding		1130		chr4	TogoVar
ADAM2_chr8_39738735_39843227	39740958	T T	TG TG	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00558.hp2 others(128): Show HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01255.hp2 HG01258.hp1 HG01261.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01928.hp1 HG01952.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02040.hp1 HG02055.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02602.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02738.hp1 HG02818.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG03017.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03139.hp1 HG03195.hp2 HG03453.hp2 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp1 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Show a0001c0001t0001 a0001c0007t0001 a0001c0015t0001 a0001c0018t0001 a0001c0020t0001 a0008c0010t0001 a0011c0017t0001 a0012c0019t0001	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0022 others(126): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 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