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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65333997	T T	TA TA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00621.hp2 others(25): Show HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00621.hp2 HG01074.hp1 HG01175.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01978.hp2 HG02027.hp2 HG02055.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02280.hp1 HG02615.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02897.hp1 HG03098.hp2 HG03209.hp1 HG03239.hp2 HG03688.hp1 NA18943.hp2 NA18984.hp1 NA18991.hp1 NA19009.hp2 NA19058.hp1 NA19240.hp2 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0001c0001t0015	a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0018 others(25): Show a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0115 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0002g0076 a0001c0001t0002g0123 a0001c0001t0002g0162 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0003g0065 a0001c0001t0004g0195 a0001c0001t0004g0196 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0004g0200 a0001c0001t0007g0011 a0001c0001t0015g0079	28	204	0.1373	1	c.111 others(8): Show c.1117+44dupT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	8/24	chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65335942	T T	TA TA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01261.hp1 HG02015.hp2 HG02630.hp2 others(12): Show HG01261.hp1 HG02015.hp2 HG02630.hp2 HG02723.hp1 HG02809.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG03579.hp2 HG03669.hp1 HG04184.hp1 NA18964.hp2 NA18973.hp2 NA19011.hp1 NA19057.hp1 NA19081.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0002c0004t0002	a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0028 others(12): Show a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0157 a0001c0002t0002g0156 a0001c0002t0005g0190 a0001c0002t0005g0191 a0002c0004t0002g0161	15	204	0.0735	1	c.107 others(10): Show c.1074-1858dupT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	7/24	chr5	TogoVar
ADAMTS6_chr5_65143738_65486920	65339455	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG01071.hp2 HG01081.hp1 others(45): Show HG00735.hp2 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01106.hp2 HG01167.hp2 HG01175.hp1 HG01884.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02615.hp1 HG02630.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG02922.hp1 HG02970.hp1 HG02976.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03139.hp1 HG03195.hp1 HG03209.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03540.hp2 HG03669.hp1 HG03688.hp1 HG03710.hp1 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18991.hp2 NA19012.hp1 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19081.hp1 NA19240.hp2 NA20805.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0006 a0007 a0001 a0006 a0007	a0001c0001 a0001c0002 a0006c0007 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0006c0007 a0007c0011	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0013 a0001c0002t0002 a0006c0007t0002 a0007c0011t0001	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0018 others(45): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0002g0109 a0001c0001t0002g0120 a0001c0001t0002g0124 a0001c0001t0002g0170 a0001c0001t0002g0171 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0002g0181 a0001c0001t0002g0182 a0001c0001t0004g0188 a0001c0001t0004g0192 a0001c0001t0004g0194 a0001c0001t0004g0195 a0001c0001t0004g0196 a0001c0001t0004g0198 a0001c0001t0004g0200 a0001c0001t0004g0202 a0001c0001t0004g0203 a0001c0001t0005g0189 a0001c0001t0005g0197 a0001c0001t0005g0199 a0001c0001t0013g0016 a0001c0002t0002g0023 a0006c0007t0002g0106 a0007c0011t0001g0015	48	204	0.2353	1	c.107 others(10): Show c.1074-5371dupT	ADAMTS6	ENSG00000049192.15	transcript	ENST00000381055.8	protein_coding	7/24	chr5	TogoVar
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