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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADAP2_chr17_30916945_30964322	30925183	A A	AT AT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00733.hp1 HG00738.hp1 others(54): Show HG00140.hp1 HG00733.hp1 HG00738.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01081.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp2 HG01261.hp2 HG01433.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG02109.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp2 HG02280.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02683.hp2 HG02717.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03516.hp1 HG04115.hp1 NA18906.hp1 NA18943.hp1 NA18953.hp1 NA18977.hp1 NA18989.hp1 NA18994.hp1 NA18994.hp2 NA19007.hp1 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0004 a0002c0002 a0001c0001 a0001c0004 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0011 a0001c0001t0016 a0001c0004t0002 a0002c0002t0001	a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0020 others(48): Show a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0135 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0167 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0229 a0001c0001t0002g0022 a0001c0001t0002g0023 a0001c0001t0002g0077 a0001c0001t0002g0153 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0002g0160 a0001c0001t0002g0165 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0216 a0001c0001t0002g0217 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0220 a0001c0001t0002g0221 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0002g0223 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0002g0232 a0001c0001t0002g0233 a0001c0001t0003g0021 a0001c0001t0003g0159 a0001c0001t0003g0218 a0001c0001t0003g0239 a0001c0001t0004g0161 a0001c0001t0011g0152 a0001c0001t0011g0234 a0001c0001t0016g0080 a0001c0004t0002g0237 a0002c0002t0001g0207	57	282	0.2021	1	c.226 others(9): Show c.226-1624dupT	ADAP2	ENSG00000184060.11	transcript	ENST00000330889.8	protein_coding	2/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
ADAP2_chr17_30916945_30964322	30927614	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00738.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 others(46): Show HG00738.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp1 HG01884.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02258.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02717.hp2 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03139.hp2 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp1 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp2 NA18906.hp1 NA19030.hp2 NA19043.hp1 NA20129.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0010 a0001c0001t0017 a0001c0001t0019 a0001c0004t0002	a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0163 others(41): Show a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0167 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0001g0229 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0002g0160 a0001c0001t0002g0165 a0001c0001t0002g0170 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0215 a0001c0001t0002g0216 a0001c0001t0002g0217 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0220 a0001c0001t0002g0221 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0002g0223 a0001c0001t0002g0224 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0003g0021 a0001c0001t0003g0159 a0001c0001t0003g0218 a0001c0001t0003g0225 a0001c0001t0003g0226 a0001c0001t0003g0239 a0001c0001t0004g0161 a0001c0001t0004g0238 a0001c0001t0005g0240 a0001c0001t0005g0241 a0001c0001t0005g0242 a0001c0001t0006g0227 a0001c0001t0007g0162 a0001c0001t0007g0164 a0001c0001t0010g0169 a0001c0001t0017g0172 a0001c0001t0019g0171 a0001c0004t0002g0237	49	282	0.1738	1	c.317 others(8): Show c.317+711dupA	ADAP2	ENSG00000184060.11	transcript	ENST00000330889.8	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
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ADAP2_chr17_30916945_30964322	30928024	G G	GA GA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02630.hp2 HG02809.hp2 HG02895.hp2 others(6): Show HG02630.hp2 HG02809.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG03130.hp1 HG03239.hp2 HG03486.hp1 HG03516.hp1 NA19030.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007	a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0002g0158 others(6): Show a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0002g0158 a0001c0001t0002g0160 a0001c0001t0002g0165 a0001c0001t0003g0159 a0001c0001t0004g0161 a0001c0001t0007g0162 a0001c0001t0007g0164	9	282	0.0319	1	c.317 others(9): Show c.317+1119dupA	ADAP2	ENSG00000184060.11	transcript	ENST00000330889.8	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
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