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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADA_chr20_44614522_44656699	44650437	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00639.hp1 others(76): Show HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00639.hp1 HG00733.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp1 HG01255.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp1 HG01934.hp2 HG01975.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02145.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02683.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02965.hp2 HG02976.hp1 HG03239.hp1 HG03486.hp2 HG03492.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03704.hp2 HG03927.hp1 HG03942.hp2 HG06807.hp1 NA18612.hp2 NA18944.hp2 NA18967.hp1 NA18968.hp2 NA18969.hp2 NA18970.hp2 NA18977.hp2 NA18978.hp2 NA18983.hp2 NA18995.hp2 NA19000.hp1 NA19004.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp2 NA19007.hp1 NA19058.hp2 NA19060.hp1 NA19066.hp1 NA19079.hp1 NA19087.hp2 NA19240.hp1	a0001 a0002 a0004 others(2): Show a0001 a0002 a0004 a0009 a0010	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(5): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0015 a0002c0003 a0004c0011 a0009c0012 a0010c0018	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0004t0001 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0004t0001 a0001c0015t0001 a0002c0003t0001 a0004c0011t0001 a0009c0012t0001 a0010c0018t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 others(60): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0096 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0126 a0001c0002t0001g0020 a0001c0002t0001g0049 a0001c0002t0001g0054 a0001c0002t0001g0056 a0001c0002t0001g0066 a0001c0002t0001g0067 a0001c0002t0001g0070 a0001c0002t0001g0072 a0001c0002t0001g0074 a0001c0002t0001g0080 a0001c0002t0001g0086 a0001c0002t0001g0098 a0001c0004t0001g0089 a0001c0015t0001g0075 a0002c0003t0001g0062 a0002c0003t0001g0063 a0004c0011t0001g0094 a0009c0012t0001g0095 a0010c0018t0001g0097	79	328	0.2409	1	c.33+ others(8): Show c.33+1137dupA	ADA	ENSG00000196839.14	transcript	ENST00000372874.9	protein_coding	1/11			chr20	TogoVar
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ADA_chr20_44614522_44656699	44654093	T T	TA TA	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(173): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00423.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG01975.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp1 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