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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADCY3_chr2_24814169_24925237	24884498	C C	CG CG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00733.hp2 HG01167.hp1 others(12): Show HG00099.hp2 HG00733.hp2 HG01167.hp1 HG01891.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02886.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03098.hp1 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03579.hp1	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 others(5): Show a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0006 a0001c0010 a0001c0015 a0002c0001 a0004c0019	a0001c0002t0002 a0001c0003t0008 a0001c0003t0011 others(7): Show a0001c0002t0002 a0001c0003t0008 a0001c0003t0011 a0001c0004t0001 a0001c0006t0007 a0001c0010t0001 a0001c0010t0003 a0001c0015t0003 a0002c0001t0001 a0004c0019t0003	a0001c0002t0002g0015 a0001c0002t0002g0037 a0001c0003t0008g0220 others(12): Show a0001c0002t0002g0015 a0001c0002t0002g0037 a0001c0003t0008g0220 a0001c0003t0011g0013 a0001c0003t0011g0014 a0001c0004t0001g0119 a0001c0006t0007g0258 a0001c0010t0001g0120 a0001c0010t0003g0257 a0001c0010t0003g0267 a0001c0015t0003g0249 a0001c0015t0003g0250 a0002c0001t0001g0130 a0002c0001t0001g0132 a0004c0019t0003g0212	15	272	0.0552	1	c.676 others(10): Show c.676-11780dupC	ADCY3	ENSG00000138031.15	transcript	ENST00000679454.1	protein_coding	2/21		chr2	TogoVar
ADCY3_chr2_24814169_24925237	24890615	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02027.hp2 HG02071.hp1 HG02523.hp1 others(4): Show HG02027.hp2 HG02071.hp1 HG02523.hp1 HG02523.hp2 NA18940.hp1 NA19068.hp1 NA19068.hp2	a0002 a0002	a0002c0001 a0002c0017 a0002c0034 a0002c0001 a0002c0017 a0002c0034	a0002c0001t0001 a0002c0017t0001 a0002c0034t0002 a0002c0001t0001 a0002c0017t0001 a0002c0034t0002	a0002c0001t0001g0121 a0002c0001t0001g0122 a0002c0001t0001g0123 others(4): Show a0002c0001t0001g0121 a0002c0001t0001g0122 a0002c0001t0001g0123 a0002c0001t0001g0124 a0002c0001t0001g0162 a0002c0017t0001g0142 a0002c0034t0002g0125	7	272	0.0257	1	c.676 others(10): Show c.676-17897dupA	ADCY3	ENSG00000138031.15	transcript	ENST00000679454.1	protein_coding	2/21		chr2	TogoVar
ADCY3_chr2_24814169_24925237	24892253	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(161): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG00609.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02148.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02486.hp2 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