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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADCY5_chr3_123277296_123454090	123396791	C C	CG CG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01433.hp2 HG03239.hp2 HG03540.hp1 others(1): Show HG01433.hp2 HG03239.hp2 HG03540.hp1 NA18960.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0025 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0025	a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0002g0047 others(1): Show a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0025g0108	4	260	0.0154	1	c.113 others(22): Show c.1135-44211_1135-44210insC	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	1/20			chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123396799	C C	CG CG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01496.hp1 HG02300.hp1 HG02976.hp1 others(2): Show HG01496.hp1 HG02300.hp1 HG02976.hp1 HG03041.hp1 HG03453.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0007 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0007 a0001c0003t0018 a0001c0005t0001	a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0002g0046 a0001c0003t0007g0185 others(2): Show a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0002g0046 a0001c0003t0007g0185 a0001c0003t0018g0020 a0001c0005t0001g0091	5	260	0.0192	1	c.113 others(22): Show c.1135-44219_1135-44218insC	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	1/20			chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123396803	C C	CG CG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01169.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp2 others(2): Show HG01169.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp2 HG03195.hp1 NA18522.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 others(2): Show a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0239	5	260	0.0192	1	c.113 others(22): Show c.1135-44223_1135-44222insC	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	1/20			chr3	TogoVar
ADCY5_chr3_123277296_123454090	123396817	G G	GA GA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp2 others(40): Show HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp2 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG01496.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02300.hp1 HG02451.hp2 HG02698.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp2 HG02970.hp1 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03239.hp2 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03490.hp1 HG03491.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp2 HG03834.hp2 HG03927.hp1 HG04204.hp2 NA18522.hp1 NA18939.hp1 NA18951.hp2 NA18971.hp2 NA18973.hp1 NA18973.hp2 NA18995.hp2 NA19005.hp2 NA19007.hp2 NA19010.hp2 NA19081.hp2 NA20129.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0022	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0002t0012 a0001c0004t0001 a0001c0004t0032 a0001c0005t0001 a0001c0022t0015	a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0099 others(40): Show a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0136 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0143 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0223 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0242 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0045 a0001c0001t0002g0046 a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0002g0078 a0001c0001t0002g0079 a0001c0001t0002g0081 a0001c0001t0009g0014 a0001c0001t0011g0187 a0001c0002t0012g0072 a0001c0004t0001g0133 a0001c0004t0001g0192 a0001c0004t0001g0194 a0001c0004t0032g0215 a0001c0005t0001g0091 a0001c0022t0015g0200	43	260	0.1654	1	c.113 others(22): Show c.1135-44237_1135-44236insT	ADCY5	ENSG00000173175.16	transcript	ENST00000462833.6	protein_coding	1/20			chr3	TogoVar
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