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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADCY7_chr16_50261551_50323135	50288466	G G	GT GT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp1 HG02145.hp1 HG02809.hp2 others(3): Show HG01891.hp1 HG02145.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG03471.hp1 HG03540.hp1	a0001 a0001	a0001c0004 a0001c0004	a0001c0004t0008 a0001c0004t0013 a0001c0004t0008 a0001c0004t0013	a0001c0004t0008g0001 a0001c0004t0008g0154 a0001c0004t0008g0162 others(1): Show a0001c0004t0008g0001 a0001c0004t0008g0154 a0001c0004t0008g0162 a0001c0004t0013g0153	6	338	0.0178	1	c.171 others(8): Show c.171+119dupT	ADCY7	ENSG00000121281.13	transcript	ENST00000673801.1	protein_coding	2/25		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr16	TogoVar
ADCY7_chr16_50261551_50323135	50295345	A A	AT AT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00597.hp2 HG00741.hp1 others(40): Show HG00438.hp1 HG00597.hp2 HG00741.hp1 HG01109.hp1 HG01175.hp1 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01978.hp2 HG02015.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02723.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG03579.hp1 NA18942.hp2 NA18952.hp1 NA18952.hp2 NA18953.hp2 NA18954.hp2 NA18955.hp2 NA18966.hp1 NA18967.hp2 NA18973.hp2 NA18978.hp1 NA18985.hp1 NA18992.hp1 NA18993.hp2 NA18995.hp1 NA18995.hp2 NA19000.hp2 NA19009.hp2 NA19010.hp1 NA19065.hp2 NA19066.hp1 NA19066.hp2 NA19091.hp1	a0001 a0003 a0005 others(1): Show a0001 a0003 a0005 a0009	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0012 others(7): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0012 a0001c0014 a0001c0030 a0001c0031 a0001c0032 a0003c0009 a0005c0011 a0009c0020	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(11): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0023 a0001c0001t0027 a0001c0002t0004 a0001c0012t0019 a0001c0014t0013 a0001c0030t0002 a0001c0031t0002 a0001c0032t0002 a0003c0009t0003 a0005c0011t0001 a0009c0020t0002	a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0200 others(40): Show a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0222 a0001c0001t0001g0280 a0001c0001t0002g0027 a0001c0001t0002g0029 a0001c0001t0002g0036 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0002g0139 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0170 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0002g0208 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0221 a0001c0001t0002g0224 a0001c0001t0002g0225 a0001c0001t0002g0235 a0001c0001t0002g0263 a0001c0001t0002g0265 a0001c0001t0002g0282 a0001c0001t0002g0283 a0001c0001t0002g0318 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0003g0052 a0001c0001t0003g0168 a0001c0001t0003g0188 a0001c0001t0003g0202 a0001c0001t0003g0226 a0001c0001t0003g0230 a0001c0001t0023g0169 a0001c0001t0027g0152 a0001c0002t0004g0279 a0001c0012t0019g0300 a0001c0014t0013g0302 a0001c0030t0002g0101 a0001c0031t0002g0203 a0001c0032t0002g0229 a0003c0009t0003g0113 a0005c0011t0001g0173 a0009c0020t0002g0233	43	338	0.1272	1	c.948 others(8): Show c.948+624dupT	ADCY7	ENSG00000121281.13	transcript	ENST00000673801.1	protein_coding	7/25		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr16	TogoVar
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