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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADCY9_chr16_3957653_4121442	4120611	C C	CT CT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00544.hp1 HG00735.hp2 HG01257.hp1 others(7): Show HG00544.hp1 HG00735.hp2 HG01257.hp1 HG01891.hp1 HG02145.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02647.hp2 NA20300.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0012 others(3): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0012 a0002c0004 a0002c0051 a0004c0024	a0001c0001t0030 a0001c0001t0068 a0001c0001t0070 others(7): Show a0001c0001t0030 a0001c0001t0068 a0001c0001t0070 a0001c0003t0001 a0001c0003t0057 a0001c0012t0006 a0001c0012t0030 a0002c0004t0058 a0002c0051t0064 a0004c0024t0091	a0001c0001t0030g0050 a0001c0001t0068g0038 a0001c0001t0070g0037 others(7): Show a0001c0001t0030g0050 a0001c0001t0068g0038 a0001c0001t0070g0037 a0001c0003t0001g0175 a0001c0003t0057g0036 a0001c0012t0006g0194 a0001c0012t0030g0049 a0002c0004t0058g0041 a0002c0051t0064g0039 a0004c0024t0091g0241	10	320	0.0313	1	c.-49 others(12): Show c.-4966_-4965insA	ADCY9	ENSG00000162104.10	transcript	ENST00000294016.8	protein_coding		4170		chr16	TogoVar
ADCY9_chr16_3957653_4121442	4121275	C C	CA CA	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG00408.hp1 others(158): Show HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp2 HG00642.hp2 HG00733.hp2 HG00738.hp1 HG01070.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01123.hp2 HG01169.hp1 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01517.hp2 HG01943.hp2 HG01981.hp1 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02602.hp1 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02698.hp2 HG02735.hp1 HG02735.hp2 HG02738.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp2 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