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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADD1_chr4_2838844_2935062	2892851	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(52): Show HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG00741.hp1 HG01099.hp2 HG01169.hp1 HG01192.hp1 HG01255.hp2 HG01346.hp1 HG01361.hp1 HG01516.hp1 HG01891.hp1 HG01975.hp1 HG01981.hp2 HG02080.hp1 HG02109.hp1 HG02132.hp1 HG02165.hp2 HG02280.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03225.hp1 HG03490.hp2 HG03492.hp1 HG03516.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp1 NA18906.hp2 NA18948.hp1 NA18953.hp2 NA19004.hp1 NA19011.hp1 NA19043.hp2 NA19054.hp1 NA19064.hp1 NA19079.hp1 NA19080.hp2 NA20752.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0002 a0007 a0001 a0002 a0007	a0001c0001 a0002c0002 a0007c0008 a0001c0001 a0002c0002 a0007c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0012 a0001c0001t0018 a0002c0002t0001 a0007c0008t0003	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0008 others(51): Show a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0262 a0001c0001t0001g0264 a0001c0001t0001g0265 a0001c0001t0001g0266 a0001c0001t0001g0267 a0001c0001t0001g0268 a0001c0001t0001g0269 a0001c0001t0001g0270 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0273 a0001c0001t0001g0274 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0276 a0001c0001t0001g0277 a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0279 a0001c0001t0001g0280 a0001c0001t0001g0281 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0001g0283 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0001g0285 a0001c0001t0001g0286 a0001c0001t0001g0287 a0001c0001t0001g0288 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0290 a0001c0001t0001g0291 a0001c0001t0001g0292 a0001c0001t0001g0293 a0001c0001t0001g0296 a0001c0001t0001g0297 a0001c0001t0001g0298 a0001c0001t0001g0299 a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0003g0251 a0001c0001t0003g0253 a0001c0001t0003g0254 a0001c0001t0003g0255 a0001c0001t0003g0260 a0001c0001t0003g0261 a0001c0001t0008g0294 a0001c0001t0008g0295 a0001c0001t0012g0140 a0001c0001t0018g0263 a0002c0002t0001g0182 a0002c0002t0001g0202 a0002c0002t0001g0204 a0007c0008t0003g0252	55	320	0.1719	1	c.511 others(9): Show c.511-1151dupA	ADD1	ENSG00000087274.19	transcript	ENST00000683351.1	protein_coding	4/15		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
ADD1_chr4_2838844_2935062	2894508	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00408.hp2 others(82): Show HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00621.hp1 HG01123.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01256.hp2 HG01261.hp2 HG01884.hp2 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG02015.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02080.hp1 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp2 HG02257.hp1 HG02273.hp2 HG02300.hp2 HG02523.hp1 HG02559.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02717.hp2 HG02886.hp2 HG03098.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03669.hp1 HG03688.hp2 HG03710.hp2 HG03834.hp1 HG03942.hp1 HG04115.hp2 HG04199.hp1 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18939.hp1 NA18940.hp2 NA18941.hp2 NA18942.hp2 NA18945.hp1 NA18950.hp2 NA18951.hp1 NA18952.hp2 NA18953.hp1 NA18954.hp2 NA18959.hp1 NA18964.hp2 NA18968.hp2 NA18972.hp1 NA18983.hp1 NA18986.hp2 NA18993.hp1 NA18994.hp2 NA18998.hp1 NA19002.hp2 NA19005.hp2 NA19012.hp2 NA19054.hp1 NA19055.hp1 NA19056.hp2 NA19060.hp1 NA19070.hp2 NA19079.hp2 NA19080.hp1 NA19081.hp2 NA19085.hp1 NA19088.hp1 NA19089.hp1 NA19240.hp1 NA20129.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0003 others(2): Show a0001 a0002 a0003 a0008 a0009	a0001c0001 a0001c0013 a0002c0002 others(3): Show a0001c0001 a0001c0013 a0002c0002 a0003c0003 a0008c0012 a0009c0011	a0001c0001t0002 a0001c0013t0010 a0002c0002t0001 others(7): Show a0001c0001t0002 a0001c0013t0010 a0002c0002t0001 a0002c0002t0005 a0002c0002t0011 a0002c0002t0019 a0003c0003t0001 a0003c0003t0006 a0008c0012t0001 a0009c0011t0001	a0001c0001t0002g0097 a0001c0001t0002g0103 a0001c0013t0010g0317 others(81): Show a0001c0001t0002g0097 a0001c0001t0002g0103 a0001c0013t0010g0317 a0002c0002t0001g0002 a0002c0002t0001g0021 a0002c0002t0001g0022 a0002c0002t0001g0023 a0002c0002t0001g0024 a0002c0002t0001g0033 a0002c0002t0001g0104 a0002c0002t0001g0149 a0002c0002t0001g0150 a0002c0002t0001g0151 a0002c0002t0001g0152 a0002c0002t0001g0153 a0002c0002t0001g0156 a0002c0002t0001g0157 a0002c0002t0001g0158 a0002c0002t0001g0159 a0002c0002t0001g0160 a0002c0002t0001g0161 a0002c0002t0001g0162 a0002c0002t0001g0163 a0002c0002t0001g0165 a0002c0002t0001g0166 a0002c0002t0001g0167 a0002c0002t0001g0168 a0002c0002t0001g0169 a0002c0002t0001g0170 a0002c0002t0001g0171 a0002c0002t0001g0172 a0002c0002t0001g0173 a0002c0002t0001g0174 a0002c0002t0001g0176 a0002c0002t0001g0177 a0002c0002t0001g0178 a0002c0002t0001g0180 a0002c0002t0001g0181 a0002c0002t0001g0182 a0002c0002t0001g0183 a0002c0002t0001g0184 a0002c0002t0001g0185 a0002c0002t0001g0187 a0002c0002t0001g0189 a0002c0002t0001g0191 a0002c0002t0001g0192 a0002c0002t0001g0193 a0002c0002t0001g0196 a0002c0002t0001g0197 a0002c0002t0001g0198 a0002c0002t0001g0199 a0002c0002t0001g0200 a0002c0002t0001g0201 a0002c0002t0001g0202 a0002c0002t0001g0203 a0002c0002t0001g0204 a0002c0002t0001g0206 a0002c0002t0001g0207 a0002c0002t0001g0208 a0002c0002t0001g0209 a0002c0002t0001g0212 a0002c0002t0001g0219 a0002c0002t0001g0220 a0002c0002t0001g0221 a0002c0002t0001g0237 a0002c0002t0001g0249 a0002c0002t0001g0250 a0002c0002t0005g0154 a0002c0002t0005g0164 a0002c0002t0005g0179 a0002c0002t0011g0155 a0002c0002t0019g0188 a0003c0003t0001g0007 a0003c0003t0001g0235 a0003c0003t0001g0308 a0003c0003t0001g0310 a0003c0003t0001g0311 a0003c0003t0001g0313 a0003c0003t0001g0316 a0003c0003t0006g0309 a0003c0003t0006g0312 a0003c0003t0006g0314 a0008c0012t0001g0186 a0009c0011t0001g0205	85	320	0.2656	1	c.592 others(7): Show c.592-57dupA	ADD1	ENSG00000087274.19	transcript	ENST00000683351.1	protein_coding	5/15		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr4	TogoVar
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