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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABCD2_chr12_39545033_39624803	39561391	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp1 HG01192.hp2 HG01884.hp2 others(40): Show HG00741.hp1 HG01192.hp2 HG01884.hp2 HG01943.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02109.hp1 HG02129.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02622.hp2 HG02723.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03453.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18906.hp1 NA18955.hp2 NA18979.hp1 NA18983.hp2 NA18986.hp1 NA18990.hp1 NA19030.hp1 NA19056.hp1 NA19065.hp1 NA19067.hp2 NA19076.hp1 NA19076.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0002 a0003 a0001 a0002 a0003	a0001c0001 a0002c0002 a0003c0009 a0001c0001 a0002c0002 a0003c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0018 a0001c0001t0022 a0002c0002t0004 a0003c0009t0011	a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0178 others(31): Show a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0002g0026 a0001c0001t0002g0168 a0001c0001t0002g0242 a0001c0001t0002g0278 a0001c0001t0002g0279 a0001c0001t0002g0281 a0001c0001t0005g0001 a0001c0001t0005g0014 a0001c0001t0005g0086 a0001c0001t0005g0087 a0001c0001t0005g0088 a0001c0001t0005g0089 a0001c0001t0005g0090 a0001c0001t0005g0091 a0001c0001t0005g0092 a0001c0001t0006g0057 a0001c0001t0006g0062 a0001c0001t0006g0063 a0001c0001t0006g0064 a0001c0001t0009g0033 a0001c0001t0009g0038 a0001c0001t0009g0039 a0001c0001t0010g0011 a0001c0001t0010g0074 a0001c0001t0010g0076 a0001c0001t0011g0081 a0001c0001t0018g0073 a0001c0001t0022g0075 a0002c0002t0004g0287 a0003c0009t0011g0285	43	340	0.1265	1	c.200 others(10): Show c.2004-7261dupT	ABCD2	ENSG00000173208.4	transcript	ENST00000308666.4	protein_coding	9/9			chr12	TogoVar
ABCD2_chr12_39545033_39624803	39563645	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00642.hp2 HG00741.hp2 others(40): Show HG00280.hp1 HG00642.hp2 HG00741.hp2 HG01175.hp2 HG01243.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp2 HG01515.hp2 HG01517.hp2 HG01981.hp1 HG02080.hp2 HG02109.hp2 HG02129.hp2 HG02155.hp2 HG02622.hp2 HG02735.hp2 HG02976.hp1 HG03239.hp1 HG03492.hp1 HG03688.hp2 HG03834.hp2 HG04115.hp1 NA18939.hp1 NA18941.hp2 NA18942.hp1 NA18947.hp1 NA18951.hp1 NA18966.hp1 NA18986.hp1 NA18989.hp2 NA18997.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp2 NA19006.hp1 NA19011.hp1 NA19043.hp2 NA19062.hp2 NA19064.hp2 NA19067.hp2 NA19077.hp1 NA19078.hp2 NA19080.hp1 NA19087.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0008 a0001c0001 a0001c0008	a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0013 others(3): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0013 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0008t0006	a0001c0001t0003g0004 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0009 others(32): Show a0001c0001t0003g0004 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0009 a0001c0001t0003g0036 a0001c0001t0003g0037 a0001c0001t0003g0040 a0001c0001t0003g0041 a0001c0001t0003g0043 a0001c0001t0003g0044 a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0046 a0001c0001t0003g0047 a0001c0001t0003g0048 a0001c0001t0003g0049 a0001c0001t0003g0065 a0001c0001t0003g0066 a0001c0001t0003g0141 a0001c0001t0006g0010 a0001c0001t0006g0050 a0001c0001t0006g0052 a0001c0001t0006g0053 a0001c0001t0006g0054 a0001c0001t0006g0055 a0001c0001t0006g0056 a0001c0001t0006g0057 a0001c0001t0006g0060 a0001c0001t0006g0062 a0001c0001t0006g0063 a0001c0001t0006g0064 a0001c0001t0006g0077 a0001c0001t0013g0031 a0001c0001t0013g0032 a0001c0001t0027g0059 a0001c0001t0028g0035 a0001c0008t0006g0058	43	340	0.1265	1	c.200 others(10): Show c.2004-9515dupA	ABCD2	ENSG00000173208.4	transcript	ENST00000308666.4	protein_coding	9/9			chr12	TogoVar
ABCD2_chr12_39545033_39624803	39578473	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp2 others(26): Show HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02109.hp2 HG02280.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02723.hp1 HG02738.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02965.hp2 HG02976.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18906.hp1 NA19000.hp2 NA19084.hp2 NA20129.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0008 a0003c0009 a0001c0001 a0001c0008 a0003c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0008t0006 a0003c0009t0011	a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0102 others(18): Show a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0005g0001 a0001c0001t0005g0014 a0001c0001t0005g0086 a0001c0001t0005g0087 a0001c0001t0005g0088 a0001c0001t0005g0090 a0001c0001t0005g0091 a0001c0001t0005g0092 a0001c0001t0009g0033 a0001c0001t0009g0038 a0001c0001t0009g0039 a0001c0001t0011g0081 a0001c0001t0015g0093 a0001c0001t0015g0094 a0001c0008t0006g0058 a0003c0009t0011g0285	29	340	0.0853	1	c.187 others(10): Show c.1877+1061dupT	ABCD2	ENSG00000173208.4	transcript	ENST00000308666.4	protein_coding	8/9			chr12	TogoVar
ABCD2_chr12_39545033_39624803	39589384	G G	GT GT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp2 HG00438.hp2 HG00621.hp1 others(31): Show HG00423.hp2 HG00438.hp2 HG00621.hp1 HG01070.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01346.hp1 HG01433.hp1 HG01515.hp1 HG01934.hp1 HG02055.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp2 HG02109.hp1 HG02451.hp2 HG02559.hp2 HG02717.hp1 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp2 HG03453.hp1 HG03516.hp1 HG03669.hp1 HG04115.hp2 NA18954.hp2 NA18956.hp2 NA18995.hp2 NA18997.hp2 NA19005.hp1 NA19030.hp1 NA19084.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 a0001c0001t0014 a0001c0001t0015 a0001c0001t0018 a0001c0001t0022 a0001c0001t0030	a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0110 others(30): Show a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0002g0042 a0001c0001t0002g0128 a0001c0001t0002g0160 a0001c0001t0002g0195 a0001c0001t0002g0197 a0001c0001t0002g0201 a0001c0001t0005g0087 a0001c0001t0005g0136 a0001c0001t0010g0011 a0001c0001t0010g0074 a0001c0001t0010g0076 a0001c0001t0014g0206 a0001c0001t0014g0207 a0001c0001t0015g0093 a0001c0001t0018g0073 a0001c0001t0022g0075 a0001c0001t0030g0291	34	340	0.1000	1	c.164 others(10): Show c.1647-3088dupA	ABCD2	ENSG00000173208.4	transcript	ENST00000308666.4	protein_coding	6/9			chr12	TogoVar
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