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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABCG1_chr21_42214140_42302244	42224944	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG01975.hp2 HG02109.hp2 others(6): Show HG00140.hp1 HG01975.hp2 HG02109.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02615.hp2 HG02895.hp1 HG02976.hp1 NA18522.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0018 a0001c0002t0002 a0001c0002t0016 a0001c0003t0008	a0001c0001t0001g0096 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0002g0305 others(6): Show a0001c0001t0001g0096 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0002g0305 a0001c0001t0004g0269 a0001c0001t0018g0065 a0001c0002t0002g0078 a0001c0002t0002g0270 a0001c0002t0016g0343 a0001c0003t0008g0117	9	354	0.0254	1	c.43- others(7): Show c.43-713dupT	ABCG1	ENSG00000160179.19	transcript	ENST00000398449.8	protein_coding	1/14		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr21	TogoVar
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