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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABHD5_chr3_43685938_43727725	43713322	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG01109.hp1 HG01934.hp1 others(14): Show HG00408.hp2 HG01109.hp1 HG01934.hp1 HG02486.hp2 HG02886.hp1 HG03195.hp2 HG03471.hp1 HG03516.hp1 HG03579.hp1 NA18956.hp2 NA18967.hp1 NA18977.hp2 NA18994.hp1 NA18995.hp1 NA19011.hp1 NA19089.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0007 a0001 a0007	a0001c0001 a0007c0008 a0001c0001 a0007c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0010 a0001c0001t0019 a0001c0001t0034 a0007c0008t0017	a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0078 others(13): Show a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0118 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0002g0122 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0003g0181 a0001c0001t0003g0188 a0001c0001t0010g0061 a0001c0001t0019g0175 a0001c0001t0034g0062 a0007c0008t0017g0112	17	286	0.0594	1	c.661 others(9): Show c.661+1479dupA	ABHD5	ENSG00000011198.10	transcript	ENST00000644371.2	protein_coding	4/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ABHD5_chr3_43685938_43727725	43714137	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG01884.hp1 others(14): Show HG01167.hp1 HG01169.hp1 HG01884.hp1 HG02486.hp1 HG02559.hp1 HG02572.hp2 HG02630.hp1 HG02818.hp1 HG02970.hp2 HG03516.hp1 HG03579.hp2 NA18906.hp2 NA19011.hp1 NA19067.hp2 NA20300.hp1 NA20300.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0007 a0001 a0007	a0001c0001 a0007c0008 a0001c0001 a0007c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0007 a0007c0008t0017	a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0002g0128 a0001c0001t0004g0017 others(7): Show a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0002g0128 a0001c0001t0004g0017 a0001c0001t0004g0025 a0001c0001t0004g0026 a0001c0001t0004g0055 a0001c0001t0004g0119 a0001c0001t0007g0010 a0001c0001t0007g0138 a0007c0008t0017g0112	17	286	0.0594	1	c.662 others(8): Show c.662-795dupT	ABHD5	ENSG00000011198.10	transcript	ENST00000644371.2	protein_coding	4/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ABHD5_chr3_43685938_43727725	43714580	G G	GT GT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01192.hp1 HG02055.hp2 HG02572.hp1 others(8): Show HG01192.hp1 HG02055.hp2 HG02572.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp2 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG03139.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 NA18522.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0034 a0001c0001t0002g0035 others(5): Show a0001c0001t0002g0007 a0001c0001t0002g0034 a0001c0001t0002g0035 a0001c0001t0002g0036 a0001c0001t0002g0038 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0041	11	286	0.0385	1	c.662 others(8): Show c.662-365dupT	ABHD5	ENSG00000011198.10	transcript	ENST00000644371.2	protein_coding	4/6		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ABHD5_chr3_43685938_43727725	43720290	A A	AG AG	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00738.hp2 HG01070.hp2 others(52): Show HG00408.hp1 HG00738.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01099.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01496.hp2 HG02004.hp1 HG02056.hp1 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02129.hp2 HG02155.hp2 HG02293.hp2 HG02723.hp1 HG02735.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03471.hp2 HG03516.hp2 HG03669.hp1 HG03710.hp2 HG04199.hp2 HG06807.hp2 NA18943.hp2 NA18956.hp2 NA18961.hp2 NA18962.hp1 NA18963.hp2 NA18964.hp1 NA18968.hp2 NA18974.hp2 NA18979.hp1 NA18990.hp2 NA18994.hp2 NA18995.hp1 NA18998.hp2 NA18999.hp2 NA19009.hp2 NA19011.hp2 NA19043.hp2 NA19063.hp1 NA19065.hp1 NA19068.hp1 NA19076.hp2 NA19084.hp1 NA19089.hp1 NA19090.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 others(4): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 a0001c0001t0024	a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0003g0005 a0001c0001t0003g0011 others(30): Show a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0003g0005 a0001c0001t0003g0011 a0001c0001t0003g0012 a0001c0001t0003g0032 a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0165 a0001c0001t0003g0166 a0001c0001t0003g0167 a0001c0001t0003g0168 a0001c0001t0003g0169 a0001c0001t0003g0171 a0001c0001t0003g0172 a0001c0001t0003g0173 a0001c0001t0003g0174 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0003g0177 a0001c0001t0003g0178 a0001c0001t0003g0179 a0001c0001t0003g0181 a0001c0001t0003g0182 a0001c0001t0003g0184 a0001c0001t0003g0185 a0001c0001t0003g0188 a0001c0001t0003g0194 a0001c0001t0008g0001 a0001c0001t0011g0170 a0001c0001t0011g0183 a0001c0001t0011g0186 a0001c0001t0021g0011 a0001c0001t0022g0187 a0001c0001t0023g0001 a0001c0001t0024g0164	55	286	0.1923	1	c.17 others(12): Show c.1758_*1759insG	ABHD5	ENSG00000011198.10	transcript	ENST00000644371.2	protein_coding	7/7	1759		chr3	TogoVar
ABHD5_chr3_43685938_43727725	43721562	C C	CA CA	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01952.hp2 HG02071.hp2 HG02523.hp1 others(7): Show HG01952.hp2 HG02071.hp2 HG02523.hp1 HG02818.hp2 HG03516.hp1 HG03942.hp2 NA18963.hp1 NA18967.hp1 NA19012.hp1 NA19089.hp2	a0001 a0007 a0001 a0007	a0001c0001 a0007c0008 a0001c0001 a0007c0008	a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0017 others(1): Show a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0017 a0007c0008t0017	a0001c0001t0009g0024 a0001c0001t0009g0048 a0001c0001t0009g0056 others(6): Show a0001c0001t0009g0024 a0001c0001t0009g0048 a0001c0001t0009g0056 a0001c0001t0009g0131 a0001c0001t0010g0003 a0001c0001t0010g0015 a0001c0001t0010g0061 a0001c0001t0017g0139 a0007c0008t0017g0112	10	286	0.0350	1	c.30 others(6): Show c.3051dupA	ABHD5	ENSG00000011198.10	transcript	ENST00000644371.2	protein_coding	7/7	3052	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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