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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABI1_chr10_26741596_26865958	26760888	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00738.hp2 HG01168.hp1 HG01175.hp1 others(15): Show HG00738.hp2 HG01168.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01433.hp1 HG02027.hp2 HG02145.hp2 HG02486.hp1 HG03710.hp2 HG03942.hp2 NA18941.hp1 NA18947.hp2 NA18962.hp2 NA18966.hp2 NA18977.hp2 NA18994.hp1 NA19004.hp1 NA19010.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0002g0144 a0001c0001t0002g0169 others(15): Show a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0002g0144 a0001c0001t0002g0169 a0001c0001t0002g0176 a0001c0001t0002g0182 a0001c0001t0002g0184 a0001c0001t0002g0189 a0001c0001t0002g0195 a0001c0001t0002g0201 a0001c0001t0002g0212 a0001c0001t0002g0223 a0001c0001t0002g0255 a0001c0001t0002g0256 a0001c0001t0002g0264 a0001c0001t0002g0265 a0001c0001t0002g0271 a0001c0001t0003g0007 a0001c0001t0003g0009	18	358	0.0503	1	c.821 others(9): Show c.821-1651dupT	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	7/10	chr10	TogoVar
ABI1_chr10_26741596_26865958	26760933	G G	GT GT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02015.hp2 NA18941.hp1 NA18967.hp2 others(5): Show HG02015.hp2 NA18941.hp1 NA18967.hp2 NA18969.hp2 NA18974.hp1 NA18994.hp1 NA19056.hp2 NA19083.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005	a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0003g0004 a0001c0001t0003g0005 others(5): Show a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0003g0004 a0001c0001t0003g0005 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0007 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0009 a0001c0001t0005g0342	8	358	0.0224	1	c.821 others(9): Show c.821-1696dupA	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	7/10	chr10	TogoVar
ABI1_chr10_26741596_26865958	26763455	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01123.hp1 HG02109.hp1 HG02559.hp2 others(5): Show HG01123.hp1 HG02109.hp1 HG02559.hp2 HG02965.hp2 HG03471.hp2 HG03486.hp2 HG03516.hp1 NA19030.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0003	a0001c0001t0003g0277 a0001c0001t0003g0278 a0001c0001t0003g0279 others(5): Show a0001c0001t0003g0277 a0001c0001t0003g0278 a0001c0001t0003g0279 a0001c0001t0003g0280 a0001c0001t0003g0281 a0001c0001t0003g0282 a0001c0001t0003g0283 a0001c0001t0003g0284	8	358	0.0224	1	c.820 others(9): Show c.820+1762dupT	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	7/10	chr10	TogoVar
ABI1_chr10_26741596_26865958	26772909	G G	GA GA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02015.hp2 HG02738.hp2 HG03225.hp2 others(8): Show HG02015.hp2 HG02738.hp2 HG03225.hp2 HG04199.hp1 NA18941.hp1 NA18967.hp2 NA18969.hp2 NA18974.hp1 NA18994.hp1 NA19056.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0015 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0015	a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0003g0004 others(8): Show a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0003g0003 a0001c0001t0003g0004 a0001c0001t0003g0005 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0007 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0009 a0001c0001t0003g0290 a0001c0001t0003g0298 a0001c0001t0015g0026	11	358	0.0307	1	c.463 others(9): Show c.463-1821dupT	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	3/10	chr10	TogoVar
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