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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114442676	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00639.hp1 HG00735.hp1 others(74): Show HG00099.hp1 HG00639.hp1 HG00735.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01256.hp2 HG01358.hp1 HG01884.hp1 HG01952.hp2 HG01981.hp1 HG02074.hp1 HG02083.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02647.hp2 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03710.hp2 HG04115.hp1 HG04204.hp2 HG06807.hp1 NA18522.hp1 NA18612.hp2 NA18941.hp1 NA18944.hp2 NA18948.hp2 NA18952.hp1 NA18964.hp1 NA18970.hp1 NA18971.hp1 NA18973.hp1 NA18979.hp2 NA18983.hp1 NA18989.hp2 NA18991.hp1 NA18994.hp2 NA18995.hp2 NA18997.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19065.hp1 NA19068.hp2 NA19079.hp2 NA19085.hp2 NA19090.hp2 NA19091.hp2 NA20129.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0007	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(10): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0007 a0001c0010 a0001c0017 a0001c0019 a0001c0024 a0002c0005 a0002c0009 a0003c0006 a0007c0018	a0001c0001t0016 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 others(61): Show a0001c0001t0016 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 a0001c0001t0024 a0001c0001t0026 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0030 a0001c0001t0048 a0001c0001t0064 a0001c0001t0072 a0001c0001t0073 a0001c0001t0075 a0001c0001t0076 a0001c0001t0082 a0001c0001t0083 a0001c0001t0089 a0001c0002t0016 a0001c0002t0021 a0001c0002t0022 a0001c0002t0026 a0001c0002t0029 a0001c0002t0032 a0001c0002t0033 a0001c0002t0034 a0001c0002t0052 a0001c0002t0060 a0001c0002t0061 a0001c0002t0062 a0001c0002t0065 a0001c0002t0066 a0001c0002t0067 a0001c0002t0070 a0001c0002t0071 a0001c0002t0074 a0001c0002t0077 a0001c0002t0079 a0001c0002t0080 a0001c0002t0081 a0001c0002t0085 a0001c0002t0110 a0001c0002t0155 a0001c0003t0014 a0001c0003t0024 a0001c0003t0029 a0001c0003t0031 a0001c0003t0032 a0001c0003t0068 a0001c0003t0069 a0001c0003t0088 a0001c0003t0153 a0001c0004t0011 a0001c0004t0019 a0001c0007t0019 a0001c0010t0025 a0001c0017t0011 a0001c0019t0016 a0001c0024t0159 a0002c0005t0045 a0002c0005t0091 a0002c0005t0092 a0002c0009t0090 a0003c0006t0078 a0007c0018t0021	a0001c0001t0016g0241 a0001c0001t0022g0030 a0001c0001t0023g0004 others(74): Show a0001c0001t0016g0241 a0001c0001t0022g0030 a0001c0001t0023g0004 a0001c0001t0023g0006 a0001c0001t0024g0180 a0001c0001t0026g0130 a0001c0001t0027g0129 a0001c0001t0027g0158 a0001c0001t0028g0088 a0001c0001t0028g0247 a0001c0001t0030g0188 a0001c0001t0030g0190 a0001c0001t0048g0234 a0001c0001t0064g0051 a0001c0001t0072g0183 a0001c0001t0073g0046 a0001c0001t0075g0197 a0001c0001t0076g0052 a0001c0001t0082g0179 a0001c0001t0083g0017 a0001c0001t0089g0118 a0001c0002t0016g0081 a0001c0002t0021g0143 a0001c0002t0022g0202 a0001c0002t0026g0112 a0001c0002t0029g0043 a0001c0002t0032g0067 a0001c0002t0033g0005 a0001c0002t0033g0012 a0001c0002t0034g0062 a0001c0002t0034g0160 a0001c0002t0052g0223 a0001c0002t0060g0049 a0001c0002t0061g0196 a0001c0002t0062g0153 a0001c0002t0065g0205 a0001c0002t0066g0170 a0001c0002t0067g0084 a0001c0002t0070g0227 a0001c0002t0071g0138 a0001c0002t0074g0013 a0001c0002t0077g0018 a0001c0002t0079g0225 a0001c0002t0080g0243 a0001c0002t0081g0208 a0001c0002t0085g0161 a0001c0002t0110g0157 a0001c0002t0155g0159 a0001c0003t0014g0044 a0001c0003t0014g0072 a0001c0003t0014g0200 a0001c0003t0024g0249 a0001c0003t0029g0210 a0001c0003t0031g0066 a0001c0003t0031g0105 a0001c0003t0032g0217 a0001c0003t0068g0224 a0001c0003t0069g0219 a0001c0003t0088g0113 a0001c0003t0153g0135 a0001c0004t0011g0003 a0001c0004t0011g0007 a0001c0004t0011g0011 a0001c0004t0019g0016 a0001c0007t0019g0058 a0001c0007t0019g0132 a0001c0010t0025g0037 a0001c0010t0025g0099 a0001c0017t0011g0125 a0001c0019t0016g0039 a0001c0024t0159g0147 a0002c0005t0045g0061 a0002c0005t0091g0111 a0002c0005t0092g0156 a0002c0009t0090g0010 a0003c0006t0078g0253 a0007c0018t0021g0020	77	256	0.3008	1	c.193 others(18): Show c.1934-891_1934-890insT	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	17/22	chr10	TogoVar
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