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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABLIM1_chr10_114426112_114663275	114579181	A A	AT AT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00438.hp2 HG00639.hp2 others(63): Show HG00099.hp2 HG00438.hp2 HG00639.hp2 HG00673.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01081.hp1 HG01123.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01256.hp2 HG01358.hp1 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp2 HG02015.hp1 HG02083.hp2 HG02257.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp2 HG02523.hp2 HG02615.hp1 HG02647.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp2 HG03098.hp1 HG03139.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp1 HG03654.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp2 NA18939.hp2 NA18941.hp2 NA18944.hp2 NA18964.hp1 NA18964.hp2 NA18966.hp1 NA18969.hp2 NA18970.hp1 NA18971.hp1 NA18983.hp2 NA18989.hp2 NA18991.hp2 NA18995.hp2 NA19030.hp1 NA19068.hp1 NA19079.hp2 NA19085.hp1 NA19090.hp2 NA19091.hp2 NA20752.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0008 a0001 a0002 a0008	a0001c0002 a0001c0004 a0001c0010 others(4): Show a0001c0002 a0001c0004 a0001c0010 a0001c0019 a0001c0024 a0002c0009 a0008c0020	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 others(47): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0005 a0001c0002t0006 a0001c0002t0008 a0001c0002t0009 a0001c0002t0012 a0001c0002t0016 a0001c0002t0018 a0001c0002t0020 a0001c0002t0022 a0001c0002t0029 a0001c0002t0032 a0001c0002t0033 a0001c0002t0034 a0001c0002t0036 a0001c0002t0038 a0001c0002t0040 a0001c0002t0041 a0001c0002t0051 a0001c0002t0052 a0001c0002t0056 a0001c0002t0060 a0001c0002t0062 a0001c0002t0065 a0001c0002t0066 a0001c0002t0067 a0001c0002t0070 a0001c0002t0071 a0001c0002t0077 a0001c0002t0079 a0001c0002t0080 a0001c0002t0081 a0001c0002t0085 a0001c0002t0095 a0001c0002t0103 a0001c0002t0104 a0001c0002t0120 a0001c0002t0133 a0001c0002t0135 a0001c0002t0155 a0001c0002t0158 a0001c0004t0011 a0001c0010t0025 a0001c0019t0016 a0001c0024t0159 a0002c0009t0063 a0008c0020t0044	a0001c0002t0001g0077 a0001c0002t0001g0079 a0001c0002t0001g0089 others(63): Show a0001c0002t0001g0077 a0001c0002t0001g0079 a0001c0002t0001g0089 a0001c0002t0001g0173 a0001c0002t0002g0191 a0001c0002t0002g0203 a0001c0002t0002g0238 a0001c0002t0002g0239 a0001c0002t0003g0206 a0001c0002t0004g0057 a0001c0002t0005g0184 a0001c0002t0006g0056 a0001c0002t0006g0221 a0001c0002t0008g0063 a0001c0002t0008g0117 a0001c0002t0008g0187 a0001c0002t0009g0164 a0001c0002t0012g0245 a0001c0002t0016g0081 a0001c0002t0018g0059 a0001c0002t0018g0232 a0001c0002t0020g0133 a0001c0002t0020g0154 a0001c0002t0022g0202 a0001c0002t0029g0043 a0001c0002t0032g0067 a0001c0002t0033g0005 a0001c0002t0034g0062 a0001c0002t0034g0160 a0001c0002t0036g0096 a0001c0002t0036g0201 a0001c0002t0038g0120 a0001c0002t0040g0109 a0001c0002t0041g0195 a0001c0002t0051g0240 a0001c0002t0052g0223 a0001c0002t0056g0123 a0001c0002t0060g0049 a0001c0002t0062g0153 a0001c0002t0065g0205 a0001c0002t0066g0170 a0001c0002t0067g0084 a0001c0002t0070g0227 a0001c0002t0071g0138 a0001c0002t0077g0018 a0001c0002t0079g0225 a0001c0002t0080g0243 a0001c0002t0081g0208 a0001c0002t0085g0161 a0001c0002t0095g0169 a0001c0002t0103g0215 a0001c0002t0104g0175 a0001c0002t0120g0122 a0001c0002t0133g0237 a0001c0002t0135g0236 a0001c0002t0155g0159 a0001c0002t0158g0014 a0001c0004t0011g0003 a0001c0004t0011g0007 a0001c0004t0011g0011 a0001c0010t0025g0037 a0001c0010t0025g0099 a0001c0019t0016g0039 a0001c0024t0159g0147 a0002c0009t0063g0144 a0008c0020t0044g0040	66	256	0.2578	1	c.380 others(9): Show c.380-3583dupA	ABLIM1	ENSG00000099204.22	transcript	ENST00000533213.7	protein_coding	2/22		chr10	TogoVar
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