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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABLIM2_chr4_7960327_8163813	8006881	G G	GA GA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02145.hp1 HG02717.hp2 HG02886.hp2 others(3): Show HG02145.hp1 HG02717.hp2 HG02886.hp2 HG03130.hp2 HG03225.hp1 HG03486.hp2	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0001c0003 a0005c0006 a0001c0001 a0001c0003 a0005c0006	a0001c0001t0026 a0001c0003t0006 a0001c0003t0007 others(2): Show a0001c0001t0026 a0001c0003t0006 a0001c0003t0007 a0001c0003t0009 a0005c0006t0006	a0001c0001t0026g0285 a0001c0003t0006g0209 a0001c0003t0007g0217 others(3): Show a0001c0001t0026g0285 a0001c0003t0006g0209 a0001c0003t0007g0217 a0001c0003t0009g0211 a0001c0003t0009g0221 a0005c0006t0006g0205	6	322	0.0186	1	c.161 others(20): Show c.1618+1177_1618+1178insT	ABLIM2	ENSG00000163995.22	transcript	ENST00000447017.7	protein_coding	16/20	chr4	TogoVar
ABLIM2_chr4_7960327_8163813	8007209	C C	CG CG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG01975.hp1 HG02572.hp1 others(10): Show HG01243.hp2 HG01975.hp1 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp2 HG02895.hp2 HG03041.hp2 HG03139.hp1 HG03195.hp1 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG03579.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 others(8): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0014 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0002t0019 a0001c0003t0001	a0001c0001t0002g0234 a0001c0001t0004g0224 a0001c0001t0005g0019 others(10): Show a0001c0001t0002g0234 a0001c0001t0004g0224 a0001c0001t0005g0019 a0001c0001t0006g0210 a0001c0001t0007g0232 a0001c0001t0007g0236 a0001c0001t0007g0308 a0001c0001t0009g0212 a0001c0001t0014g0038 a0001c0001t0017g0203 a0001c0001t0018g0001 a0001c0002t0019g0003 a0001c0003t0001g0241	13	322	0.0404	1	c.161 others(9): Show c.1618+849dupC	ABLIM2	ENSG00000163995.22	transcript	ENST00000447017.7	protein_coding	16/20	chr4	TogoVar
ABLIM2_chr4_7960327_8163813	8013219	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00438.hp1 HG00597.hp1 others(84): Show HG00099.hp2 HG00438.hp1 HG00597.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01261.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp1 HG01978.hp1 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02129.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp2 HG02717.hp1 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp2 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03540.hp1 HG03579.hp1 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03688.hp1 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG03834.hp2 HG03927.hp1 HG03927.hp2 HG03942.hp2 HG04115.hp2 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp1 HG04228.hp2 NA18522.hp2 NA18747.hp2 NA18947.hp1 NA18948.hp1 NA18950.hp1 NA18950.hp2 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18979.hp2 NA18998.hp1 NA19005.hp1 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19240.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0004 a0001 a0004	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0008 a0004c0009	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(28): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0001t0014 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0028 a0001c0001t0030 a0001c0001t0032 a0001c0001t0034 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0002t0005 a0001c0002t0031 a0001c0003t0001 a0001c0003t0006 a0001c0003t0009 a0001c0003t0021 a0001c0003t0023 a0001c0004t0007 a0001c0008t0006 a0004c0009t0002	a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0098 others(84): Show a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0243 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0276 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0001g0288 a0001c0001t0001g0293 a0001c0001t0001g0304 a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0002g0130 a0001c0001t0002g0149 a0001c0001t0002g0206 a0001c0001t0002g0213 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0002g0248 a0001c0001t0002g0284 a0001c0001t0003g0012 a0001c0001t0003g0170 a0001c0001t0003g0197 a0001c0001t0003g0244 a0001c0001t0004g0128 a0001c0001t0004g0148 a0001c0001t0004g0175 a0001c0001t0005g0294 a0001c0001t0006g0102 a0001c0001t0006g0178 a0001c0001t0006g0179 a0001c0001t0006g0272 a0001c0001t0009g0235 a0001c0001t0010g0215 a0001c0001t0012g0008 a0001c0001t0014g0291 a0001c0001t0016g0233 a0001c0001t0017g0300 a0001c0001t0018g0001 a0001c0001t0028g0062 a0001c0001t0030g0099 a0001c0001t0032g0320 a0001c0001t0034g0322 a0001c0002t0001g0074 a0001c0002t0001g0083 a0001c0002t0001g0088 a0001c0002t0001g0113 a0001c0002t0001g0139 a0001c0002t0001g0156 a0001c0002t0001g0172 a0001c0002t0001g0196 a0001c0002t0001g0273 a0001c0002t0002g0129 a0001c0002t0002g0160 a0001c0002t0002g0306 a0001c0002t0003g0026 a0001c0002t0003g0043 a0001c0002t0003g0159 a0001c0002t0003g0200 a0001c0002t0003g0226 a0001c0002t0003g0229 a0001c0002t0003g0238 a0001c0002t0004g0044 a0001c0002t0005g0292 a0001c0002t0031g0319 a0001c0003t0001g0015 a0001c0003t0001g0241 a0001c0003t0006g0142 a0001c0003t0006g0143 a0001c0003t0006g0155 a0001c0003t0006g0199 a0001c0003t0009g0223 a0001c0003t0021g0004 a0001c0003t0023g0039 a0001c0004t0007g0131 a0001c0008t0006g0289 a0004c0009t0002g0191	87	322	0.2702	1	c.142 others(10): Show c.1424-4118dupA	ABLIM2	ENSG00000163995.22	transcript	ENST00000447017.7	protein_coding	14/20	chr4	TogoVar
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