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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABLIM2_chr4_7960327_8163813	8100749	G G	GA GA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02056.hp2 HG03471.hp1 HG03834.hp1 others(5): Show HG02056.hp2 HG03471.hp1 HG03834.hp1 HG03834.hp2 NA18985.hp2 NA19000.hp1 NA19067.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0030 a0001c0002t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0030 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004	a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0243 others(5): Show a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0243 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0293 a0001c0001t0030g0099 a0001c0002t0001g0125 a0001c0002t0004g0075	8	322	0.0248	1	c.155 others(9): Show c.155-3468dupT	ABLIM2	ENSG00000163995.22	transcript	ENST00000447017.7	protein_coding	2/20			chr4	TogoVar
ABLIM2_chr4_7960327_8163813	8105269	T T	TC TC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01167.hp1 HG01243.hp2 HG01433.hp1 others(22): Show HG01167.hp1 HG01243.hp2 HG01433.hp1 HG01884.hp2 HG02135.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02622.hp1 HG02818.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03139.hp2 HG03225.hp1 HG03540.hp1 NA18952.hp1 NA19012.hp2 NA19030.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(12): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0001t0018 a0001c0001t0026 a0001c0001t0034 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0004 a0001c0004t0002	a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0057 others(22): Show a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0002g0024 a0001c0001t0002g0057 a0001c0001t0002g0067 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0234 a0001c0001t0002g0283 a0001c0001t0002g0284 a0001c0001t0003g0054 a0001c0001t0006g0216 a0001c0001t0009g0235 a0001c0001t0010g0005 a0001c0001t0010g0127 a0001c0001t0010g0215 a0001c0001t0012g0008 a0001c0001t0012g0253 a0001c0001t0018g0001 a0001c0001t0026g0285 a0001c0001t0034g0322 a0001c0002t0001g0202 a0001c0002t0002g0023 a0001c0002t0003g0026 a0001c0002t0003g0031 a0001c0002t0004g0007 a0001c0004t0002g0040	25	322	0.0776	1	c.154 others(9): Show c.154+1224dupG	ABLIM2	ENSG00000163995.22	transcript	ENST00000447017.7	protein_coding	2/20			chr4	TogoVar
ABLIM2_chr4_7960327_8163813	8111926	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(208): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG01069.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp1 HG01928.hp1 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02083.hp1 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